Bioinformaticien-ne

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'Institut de Recherches en Horticulture et Semences (IRHS) qui rassemble 260 personnes dont les travaux visent à améliorer la qualité et la santé des espèces horticoles ainsi que la production de semences. Vous intégrerez l'équipe EcoFun (Evolutionary Ecology of Fungi), composée de 7 membres permanents. 

Votre mission, de nature transversale au sein de l’IRHS, sera de développer des pipelines d'analyse des données omiques fongiques et de déployer des outils pour la modélisation des structures protéiques en interaction avec différentes équipes. Un des enjeux majeurs de l'IRHS est de développer des méthodes alternatives aux pesticides. Découvrir des résistances durables chez les plantes et sélectionner de manière pertinente des agents de biocontrôle nécessitent d'identifier les bases génétiques responsables du pouvoir pathogène des champignons phytopathogènes et du myco parasitisme. Afin d'interpréter la diversité génétique et phénotypique des collections de champignons de l'unité à des fins de lutte, vous assurerez le développement de pipelines traitant l'ensemble des données omiques produites, allant de l'assemblage des génomes à leur annotation. Les outils de prédiction structurale des protéines révolutionnent la recherche sur les interactions protéiques en accélérant la compréhension des mécanismes moléculaires impliqués dans les interactions hôtes-pathogènes. Vous prendrez en charge le déploiement et la maintenance de pipelines pour l'analyse itérative des prédictions structurales des protéines en collaboration avec les chercheurs de l'IRHS. Cette activité se mettra en place dans un second temps au sein d'un groupe informel sur la biochimie des protéines. Vous serez en charge du développement des pipelines de bioanalyse allant de l'assemblage des génomes fongiques à leur annotation. Vous produirez de nouveaux outils adaptés aux spécificités des génomes fongiques. Vous analyserez, par exemple, les familles d’effecteurs chez le champignon Venturia inaequalis, responsable de la tavelure du pommier. Vous conduirez des analyses de génomique et transcriptomique comparative afin d'identifier des gènes candidats responsables de la pathogénèse de Venturia et d'Alternaria ainsi que du mycoparasitisme de l'agent de biocontrole Trichoderma. 

A moyen terme, vous prendrez en charge le déploiement d'outils dans le domaine de la biologie prédictive des structures des protéines par des approches de deep learning dans le cadre d'un groupe informel dédié à la biochimie des protéines qui sera constitué autour d'un futur maître de conférence biochimiste de l'Université d'Angers. Par votre expertise, vous assisterez les chercheurs dans l'interprétation et l'analyse des résultats et participerez à l'élaboration de nouveaux projets de recherche faisant appel aux outils de prédiction. Vous contribuerez également à leur formation. 

Enfin, vous assurerez une veille technologique et méthodologique régulière sur les outils de bioanalyse adaptés notamment aux caractéristiques des génomes fongiques ainsi que dans le domaine de la biologie prédictive en intégrant des approches de type deep learning.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes issu-e d’une formation universitaire en biologie ou d'une école d'agronomie. 

Vous avez de l'expérience dans l'analyse de données omiques (génomique, transcriptomique, protéomique ou métabolomique). 

Vous possédez une expertise en programmation (Bash, Python, C++, R, etc.) et une solide compréhension des outils bioinformatiques et des plateformes d'analyse de données massives. 

Vous appréciez de travailler pour un collectif. 

Vous êtes attiré-e par la veille technologique, le développement de nouveaux outils, de nouvelles approches telles que le deep learning.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 4.93 Mo
2. Je note le numéro du profil IE26-SPE-4
3. Je postule Espace d'inscription