Ingénieur-e en calcul scientifique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité PHIM qui déploie des recherches sur la santé des végétaux (>200 agents, 16 équipes), au sein de laquelle deux équipes mènent des travaux sur les interactions moléculaires entre plantes, pathogènes et vecteurs. Vous évoluerez dans un environnement scientifique riche, mobilisant des approches de génomique, d'épigénomique et de bioinformatique, en étroite collaboration avec des chercheurs, ingénieurs et bioinformaticiens.
Votre mission consistera à développer et déployer des outils automatisés d'analyse intégrative de données issues de différentes approches « omiques ». Vous exploiterez l'information issue de graphes de pangénomes, prédirez les éléments génomiques et épigénomiques impliqués dans les dialogues inter-règnes, et identifierez les réseaux d'interaction associés. Vous assurerez également la veille technologique, l'actualisation des outils et leur transfert auprès des collègues de l'unité et de partenaires externes.
Ce poste est essentiel pour soutenir les projets de recherche en génomique fonctionnelle et en biologie des interactions. Votre expertise contribuera à structurer, fiabiliser et sécuriser l'ensemble des procédures bioinformatiques, tout en garantissant la traçabilité des données. Vous jouerez un rôle clé dans l'accompagnement méthodologique des équipes, dans la diffusion des bonnes pratiques et dans la mise en oeuvre de démarches de science ouverte conformes aux principes FAIR. Vous participerez à des collectifs de partage de pratiques au niveau local (SOUTHGREEN) et au niveau national (CATI BARIC). Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Développement et intégration d'outils bioinformatiques
-Déployer des méthodes d'analyse automatisées pour exploiter les données omiques
-Intégrer l'information pangénomique dans des graphes et y annoter les gènes d'intérêt
-Mettre en oeuvre des outils de prédiction des éléments génomiques et épigénomiques impliqués dans les dialogues inter-règnes
-Développer des pipelines reproductibles, optimisés et génériques
Contribution aux projets scientifiques
-Identifier et annoter des gènes et familles d'intérêt selon différents critères
-Prédire les réseaux d'interaction impliquant gènes, sARN, génomes viraux ou fongiques
-Analyser des jeux de données sARNomiques, transcriptomiques ou dégradomiques
-Participer à la conception technique des projets et conseiller sur les méthodologies à mettre en oeuvre
Animation et transfert de compétences
-Assurer le transfert des outils et méthodes auprès des équipes de l'unité
-Contribuer aux activités collaboratives en bioinformatique locales et nationales
-Rédiger les protocoles d'utilisation et les documentations associées
-Participer à la formation des utilisateurs et au partage d'='expertise
Vous garantirez également la sécurité, la pérennité et la traçabilité des données et protocoles.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Formations et compétences recherchées

Une formation en bioinformatique, analyse de données omiques ou disciplines associées est attendue.
Une expérience en génomique, épigénomique ou analyse de données de séquençage haut débit (Illumina, Nanopore, PacBio) serait fortement appréciée.
Savoir-faire :
-Analyser des données omiques massives
-Maîtriser Python, R, RShiny, git, Singularity, Snakemake
-Travailler dans un environnement Linux et utiliser des infrastructures de calcul
-Appliquer les bonnes pratiques de programmation et de gestion FAIR des données
-Dialoguer avec des équipes interdisciplinaires, y compris non francophones (anglais niveau 2)
Savoir-être :
-Capacité d'adaptation
-Sens de la communication
-Travail en équipe
-Capacité de décision
-Pédagogie et goût pour le partage de compétences

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 2.31 Mo
2. Je note le numéro du profil IE26-SPE-2
3. Je postule Espace d'inscription