Ingénieur-e en calcul scientifique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Au sein de l'unité de recherche IGEPP vous rejoindrez une équipe pluridisciplinaire dédiée à la compréhension des cycles infectieux de bioagresseurs des plantes et au développement d'outils d'analyse innovants. Vous travaillerez au croisement de la biologie, de l'épidémiologie et de l'ingénierie logicielle, au sein d'un collectif impliqué dans l'étude des dynamiques de maladies, d'arthropodes, de nématodes et d'autres organismes d'intérêt pour la santé des plantes.
Votre mission s'inscrit dans un contexte scientifique où l'imagerie et l'apprentissage profond prennent une place croissante pour caractériser les organismes biologiques et alimenter des modèles prédictifs. Vous nourrirez ainsi des modèles mathématiques, notamment pour comprendre et prédire les dynamiques de bioagresseurs à diverses échelles (organes, plantes, couverts, paysages). Vous interviendrez aux différentes étapes de la chaîne d'analyse d'images afin de fournir des outils robustes, utiles aux travaux de recherche de l'équipe et de ses partenaires.
Ce poste présente des enjeux forts : améliorer la capacité de détection, de compréhension et de modélisation des bioagresseurs à différentes échelles, contribuer à des projets scientifiques ambitieux en épidémiologie, taxonomie et écologie comportementale, et renforcer la diffusion des technologies d'imagerie et de vision au sein des communautés scientifiques concernées. Vous participerez à des collectifs de partage de pratiques au niveau local et au niveau national (CATI CONNECT). Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :
Développement et traitement d'images
-Implémenter et adapter des algorithmes de vision par ordinateur, dont des réseaux d'apprentissage profond.
-Traiter des images statiques d'organismes biologiques pour nourrir les modèles mathématiques utilisés en recherche.
-Réaliser une veille scientifique afin de proposer des approches à l'état de l'art et d'améliorer les performances des chaînes d'imagerie.
Déploiement, formation et accompagnement
-Développer, maintenir et déployer les outils logiciels produits, y compris sur des architectures à haute performance.
-Former les utilisateurs aux logiciels développés et aux protocoles d'acquisition d'images associés.
-Accompagner les équipes dans la mise en oeuvre des méthodes d'imagerie, en cohérence avec la politique de science ouverte.
Collaboration scientifique
-Interagir au quotidien avec les responsables d'acquisition d'images, les modélisateurs, épidémiologistes, systématiciens et écologues.
-Participer à des projets et réseaux locaux, nationaux et internationaux en santé des plantes et contribuer aux productions scientifiques et technologiques associées.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Formations et compétences recherchées

Une formation en vision par ordinateur ou une formation en science des données complétée par des expériences en vision ou apprentissage profond, est attendue. Une première expérience en développement d'outils de vision ou en apprentissage profond pour l'imagerie serait appréciée.
Les compétences attendues incluent :
Savoir-faire
-Programmer en Python et C++ et utiliser les principales bibliothèques de vision par ordinateur (PyTorch, OpenCV, etc).
-Mobiliser des outils de développement et de déploiement (gestion de versions, conteneurs).
-Mettre en oeuvre des protocoles et outils de traitement d'images pour l'analyse scientifique.
Savoir-être
-Travailler en équipe, y compris à distance, et partager vos connaissances.
-Communiquer avec des interlocuteurs variés.
-Faire preuve de rigueur, d'organisation et d'autonomie.
-Utiliser l'anglais scientifique à l'écrit et à l'oral.
Une connaissance de la biologie ou de la santé des plantes serait un plus.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 2.31 Mo
2. Je note le numéro du profil IE26-SPE-1
3. Je postule Espace d'inscription