Stage M2 - Expérimentation et Analyse de données

Retour à la liste des résultats

Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’Unité Mixte de Recherche Fractionnement des AgroRessources et Environnement (UMR FARE) de INRAE et de l’Université Reims-Champagne Ardenne (URCA). L’étude des usages des biomasses végétales pour la production de biomatériaux et biomolécules et le recyclage des résidus végétaux dans les sols et les agroécosystèmes est au cœur des recherches de l’UMR. Le stage s’inscrit dans cette dernière thématique, en lien avec les pratiques agricoles, comme la fertilisation organique ou minérale ou l’introduction de légumineuses dans les systèmes de production. 

La fertilisation azotée des systèmes cultivés par application d’engrais de synthèse a permis d’en augmenter la productivité, mais se heurte à de nombreuses problématiques environnementales, énergétiques et géopolitiques. Une des perspectives de substitution des engrais de synthèse repose sur une meilleure gestion des stocks d’azote (N) contenus dans les matières organiques des sols et de leurs dynamiques (Grandy et al., 2022). Celles-ci sont en partie contrôlées par les communautés microbiennes, en interaction avec le sol et les conditions abiotiques (Recous et al., 2017). Les communautés microbiennes secrètent des enzymes extracellulaires qui dépolymérisent des substrats organiques complexes contenant du N (e.g., protéines) en molécules plus petites (e.g., acides aminés) jusqu’à leur minéralisation sous forme d’ammonium (NH₄⁺) et de nitrate (NO₃^-). La compréhension de l’utilisation microbienne du N dans des sols permettra de soutenir cette substitution des engrais minéraux de synthèse. 

L’objectif de ce stage est d’acquérir et d’exploiter des descripteurs de l’utilisation du N des matières organiques des sols par les microorganismes, sous l’effet de deux modalités de gestion de la fertilisation azotée dans différents écosystèmes.

Des incubations de sols pendant 2-3 jours après ajout d’ammonium (NH₄⁺) enrichi en isotope stable de l’azote (¹⁵N) permettront de déterminer les vitesses brutes de minéralisation (ou ammonification) potentielles du N des matières organiques, de nitrification et d’immobilisation (e.g., Zhang et al., 2019). Ces flux pourront être comparés à des descripteurs déjà acquis de minéralisation nette potentielle des matières organiques (e.g., Sauvadet et al., 2018), aux vitesses de dépolymérisation des protéines et d’assimilation des acides aminés par les microorganismes (e.g., Noll et al., 2019), aux activités enzymatiques associées au cycle du N, et à la biomasse microbienne. 

Ce travail s’inscrit dans le cadre du projet de recherche CANETE que coordonne l’UMR FARE, financé par le programme France 2030 FairCarboN. Le projet étudie les effets des pratiques de gestion de la fertilisation des systèmes de production sur le fonctionnement microbien du sol et son impact sur les cycles biogéochimiques. Il mobilise 9 sites expérimentaux français incluant des cultures, des prairies, de l’agroforesterie et des plantations forestières. Sur chaque site, deux traitements implémentant des pratiques de gestion du N contrastées (e.g., fertilisation minérale versus réduction de la fertilisation et introduction de légumineuses) depuis une dizaine d’années sont comparés. Les sols à incuber ont été prélevés dans les couches superficielles 0-15 cm et 15-30 cm dans l’ensemble des sites au printemps 2025, ainsi que, pour trois des 9 sites, à l’automne 2025 et en hiver 2026. Les données déjà disponibles proviennent d’incubations réalisées dans des conditions similaires dans des laboratoires partenaires du projet : la plate-forme analytique SilvaTetch et les laboratoires EcoSys et ISPA. 

Vous serez plus particulièrement en charge de : 

• Réaliser les incubations de sol avec apport de solution enrichie en ¹⁵N-NH₄⁺ pour mesurer les flux bruts d’ammonification et de nitrification par dilution isotopique. Préparer les échantillons générés pour analyser les concentrations en NH₄⁺ et NO₃^- et leurs ratios en isotopes stables du N (extraction, microdiffusion). 
• Comparer et analyser l’ensemble des descripteurs de l’utilisation du N des matières organiques des sols par les microorganismes avec des méthodes statistiques adaptées. Evaluer la cohérence des résultats au regard de la littérature. 
• Analyser la réponse des variables microbiennes à l’usage des sols et aux pratiques de gestion du N. Evaluer les effets potentiels sur ces réponses des conditions pédoclimatiques et des saisons. Ecrire une synthèse. 
• Présenter régulièrement les avancées du travail pour discussion aux collaborateurs 

La personne recrutée sera encadrée par Gwenaëlle Lashermes et Guillaume Humbert. Elle travaillera également avec Gonzague Alavoine, Olivier Delfosse (ingénieurs d’étude) et Perle Bressan (technicienne) au laboratoire. Le stage sera réalisé sur le campus Moulin de la Housse de l’URCA à Reims. 

Formations et compétences recherchées

Formations et compétences recherchées

Master (Bac+5) 

• Formation recommandée : Ingénieur agri/agro ou équivalent, master 2, sciences du sol ou environnement, écologie fonctionnelle, écologie microbienne, biogéochimie
• Connaissances souhaitées : Sciences du sol, connaissances générales en agronomie, bases concernant les métabolismes microbiens, les cycles biogéochimiques (C ou N), et/ou les fonctions des sols et les services écosystémiques qu’elles remplissent
• Aptitudes recherchées : intérêts pour le travail au laboratoire et pour la démarche scientifique collaborative

Compétences attendues

• Rigueur dans le suivi d’un protocole de laboratoire
• Rigueur dans l’analyse et la restitution des données
• Savoir se questionner
• Savoir travailler en équipe (partage d’idées, présentation des résultats, discussion des problèmes, recherche de solutions)
• Bonne maîtrise lue de l’anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- de la prise en charge à 50 % de votre cotisation à la complémentaire santé collective ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation