Post-doctorant.e en écologie microbienne et biostatistiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

◼ Vous travaillerez au sein de l’unité ‘Santé et Agroécologie du Vignoble’ (SAVE), située sur le centre de recherche INRAE de Villenave d’Ornon, à proximité de Bordeaux (France). L’unité porte des projets de recherche d’envergure sur la transition agroécologique en viticulture, en étroite collaboration avec les professionnels de ce secteur et du biocontrôle. Elle fait partie de l’Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), un institut reconnu mondialement pour ses activités de recherche, de formation et de transfert. 

Vous jouerez un rôle clé dans le projet Parsada GetUp (2025-30) qui vise à développer des solutions opérationnelles, basées sur le pilotage du microbiote, pour lutter contre le mildiou de la vigne. Ce projet vise en particulier à concevoir des consortia microbiens capables de protéger la vigne contre le mildiou, soit en agissant directement sur l'agent pathogène (Plasmopara viticola), soit en stimulant les défenses de la vigne. Il vise également à identifier les pratiques et les infrastructures agroécologiques à mettre en place pour maintenir et renforcer naturellement le microbiote protecteur, tant à l'échelle de la parcelle que de l'exploitation. Ce projet s’appuie sur les résultats obtenus dans le projet ANR VITAE (2020-2027) financé par le programme prioritaire de recherche ‘Cultiver et Protéger Autrement’.

Votre mission sera d’analyser et valoriser sous forme de publications des données de microbiote de la vigne et des sols viticoles collectées dans les projets GetUp et VITAE, en déployant des méthodes bioinformatiques et biostatistiques innovantes pour passer d’une écologie des communautés descriptive à une écologie prédictive et fonctionnelle. Vous réaliserez des méta-analyses de jeux de données de séquençage d’amplicons collectés dans différentes régions, pour évaluer la généricité des prédictions fondées sur le microbiote. Vous participerez également à la conception et la valorisation d’expérimentations basées sur des approches multi-omiques. Les publications académiques seront accompagnées d’articles de vulgarisation à destination du grand public et des professionnels de la viticulture car le transfert est un enjeu majeur du projet GetUp. La qualité de la visualisation des données et des résultats aura donc une grande importance.

Vous serez plus particulièrement en charge des trois sujets suivants : (1) évaluer la capacité du microbiote de la plante et du sol à prédire la santé des parcelles viticoles, mesurée par des historiques de symptômes de maladies et de rendement dans plusieurs régions viticoles françaises (GetUp AR1 et VITAE) ; (2) décrypter le mode d’action de consortia microbiens contre le mildiou de la vigne, en révélant les gènes et les métabolites impliqués dans l’activité de biocontrôle grâce à la collecte et l’analyse de données multi-omiques (GetUp AR4) ; (3) prédire l’abondance des micro-organismes protecteurs en fonction des pratiques et infrastructures agroécologiques (couverts végétaux, haies, arbres) déployées à l’échelle de la parcelle et de l’exploitation, de manière à informer des stratégies de pilotage du microbiote via les pratiques (GetUp AR8 et AR9). 

◼ Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Réaliser une veille bibliographique sur les trois sujets de recherche
• Choisir et mettre en œuvre les méthodes bioinformatiques et biostatistiques adaptées aux jeux de données et aux questions posées
• Echanger avec les membres des projets GetUp et VITAE pour comprendre comment et pourquoi les données ont été collectées
• Echanger avec les membres des projets GetUp et VITAE pour compléter et harmoniser les métadonnées
• Participer à la conception des nouveaux plans d’expérience et d’échantillonnage, en collaboration avec les responsables scientifiques de chaque action de recherche (GetUp AR1, AR4, AR8/AR9)
• Rendre compte des avancées et des problèmes rencontrés aux responsables scientifiques de chaque action de recherche (GetUp AR1, AR4, AR8/AR9).
• Sauvegarder les données et les codes informatiques dans le serveur dédié au projet GetUp.
• Encadrer un.e étudiant.e en Master 2 sur le premier sujet 
• Rédiger et soumettre les articles académiques (en anglais) et de vulgarisation (en français)
• Présenter les résultats dans des colloques scientifiques et professionnels 
• Contribuer à la vie scientifique de l’équipe, de l’unité et du projet, en partageant vos compétences et connaissances en bioinformatique et biostatistique, et en fournissant une aide ponctuelle sur d’autres expérimentations.

- travail sur écran quotidien.

Formations et compétences recherchées

◼ Formation recommandée : Thèse en écologie microbienne ou écologie des communautés 

◼ Connaissances souhaitées : rôle du microbiote dans la santé; influence des facteurs environnementaux sur le microbiote;  analyses bioinformatiques et biostatistiques de jeux de données de séquençage d’amplicons (métabarcoding); méta-analyse de jeux de données de métabarcoding ; analyse et intégration de données multi-omiques (métagénomique, métabolomique, méta-transcriptomique) ; visualisation de données biologiques ; rédaction d’articles scientifiques en anglais

◼ Expérience appréciée : expérience d’encadrement de stagiaire ; expérience de travail dans le domaine du microbiote des plantes.

◼ Aptitudes recherchées : esprit d’équipe, rigueur, autonomie.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- de la prise en charge à 50 % de votre cotisation à la complémentaire santé collective ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation