Ingénieur-e d’étude en analyse pangénomique chez le pois

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe génétique et génomique des Espèces Cibles Protéagineux (ECP) de l’UMR 1347 Agroécologie à Dijon et vos missions s’inscriront dans le cadre des actions en cours sur le développement du pangénome du pois (Pisum sativum L.) et d’une interaction forte avec l’équipe Func&Adapt de l’UMRT 1158 BioEcoAgro. L’équipe ECP est une équipe de recherche pluridisciplinaire qui est spécialisée dans l’étude des légumineuses à graines. Elle développe des ressources génétiques et génomiques chez le pois, la féverole, le lupin et la lentille et s’investit dans l’amélioration variétale. Elle mène ses activités de recherche et de pre-breeding en collaboration avec un réseau d’acteurs à l’échelle nationale et internationale, dont l'équipe Func&Adapt. Cette dernière, quant à elle, rassemblant des chercheurs des Universités d'Amiens, Liège et Lille ainsi que sur le site INRAE d'Estrées-Mons, étudie les mécanismes qui déterminent d'une part, la tolérance des plantes aux stress abiotiques (température, eau) et d'autre part, l'efficience d'utilisation des éléments minéraux (azote, phosphore) et leur recyclage par la plante (azote). 
Ces deux dernières décennies, l'accès au génotypage et aux technologies de séquençage, ainsi que le recours à la génétique quantitative, ont surtout permis de révéler des régions du génome contrôlant des caractères d'intérêt chez le pois. Ces caractères sont soit des caractères de réponse aux stress, soit des caractères liés au rendement ou à la qualité des graines. Toutefois, l'étude approfondie de ces régions génomiques et la découverte des déterminants moléculaires sous-jacents restent difficiles. La pangénomique, enfin possible chez le pois, permet aujourd'hui d'espérer une meilleure compréhension de la variabilité dans les régions génomiques d'intérêt, ainsi qu'un accès à leurs contenus en gènes.

Le ou la candidat(e) aura à sa disposition vingt génomes de pois annotés, allant du cultivé au sauvage, et se penchera en premier lieu sur une région génomique impliquée dans le contrôle de la tolérance au gel. Il(elle) s'appuiera sur les méthodes disponibles dans la littérature et développées par le laboratoire d'accueil pour mener ses analyses. Il(elle) sera également amené(e) à utiliser la base de connaissances Neo4J, OrthoLegKB, pour la requête et l'intégration de données. A partir de ce travail, le(la) candidat(e) devra être capable de mettre au point un protocole permettant d'appliquer sa démarche à d'autres zones d'intérêt. Dans ce cadre, il(elle) échangera avec d'autres équipes ayant des besoins similaires pour discuter et éventuellement mutualiser les outils et les approches.

Conditions particulières d’activité : Vous serez accueilli(e) et encadré par des équipes de recherche pluridisciplinaires et vous travaillerez en étroite collaboration avec des experts en génétique et en bioinformatique. Vous devrez faire preuve d’une forte motivation pour caractériser et apprécier la diversité génétique végétale et d’une capacité pour travailler en autonomie, comme en équipe. 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Licence en bioinformatique ou équivalent.

Connaissances souhaitées en génétique quantitative, en analyse de données -omiques, en biostatistiques et en sélection végétale.

Expérience en python et R et maitrise de l’anglais scientifique vivement recommandées. Une expérience en Nexflow ou Snakemake serait un vrai plus.

Aptitudes recherchées : capacité à analyser de grands jeux de données, autonomie, rigueur, aptitude à communiquer et à discuter ses résultats, aptitude à travailler en équipe et en réseau, maitrise de l’anglais écrit et parlé. 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez selon le type de contrat et sa durée :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)

- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle

- d'un accompagnement social et prestations : conseil et écoute, aides et prêts sociaux, CESU etc... 

- de prestations vacances, loisirs, d'activités sportives, culturelles, familiales : chèques-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; billetterie aux tarifs préférentiels

- d'une restauration collective avec une aire de pique-nique 

- de dispositifs de prise en charge partielle par l’employeur des frais de déplacement domicile - travail

- de télétravail autorisé sous conditions définies par la NS en vigueur

- d’un remboursement d'une part des cotisations de protection sociale complémentaire

- de billet congé annuel SNCF

- d’accès facile au Centre INRAE Dijonnais par le tram, le bus + parkings vélos, voitures... 

- d’un accueil au sein de l’association dijonnaise FMR² (Fraîchement et Momentanément Recruté·e·s dans la Recherche)

Modalités pour postuler

Transmettre une lettre de motivation et un CV à : 

Nadim TAYEH, Jonathan KREPLAK et Isabelle LEJEUNE-HENAUT

• Par e-mail : Nadim.Tayeh@inrae.fr ; Jonathan.Kreplak@inrae.fr ; Isabelle.Lejeune-Henaut@inrae.fr
• Par courrier :   17 rue Sully, 21065 Dijon, France