Ingénieur-e en manipulation et analyse de données écologiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le poste est à pourvoir au  1^er février 2027 pour une durée de 18 mois renouvelables au sein de l’Unité de Recherche en Zoologie Forestière (URZF) sur le site d’Orléans du centre INRAE Val de Loire. L'unité a pour objectifs généraux d’étudier la réponse des populations d’insectes forestiers ravageurs aux changements anthropiques et d’appréhender les processus à la base du succès de l’introduction, de l’établissement ou de la propagation d’espèces exotiques envahissantes. Notre démarche associe des chercheurs en écophysiologie, biologie et génétique des populations, systématique moléculaire, écologie et mathématiques appliquées.

L’URZF recrute un·e ingénieur·e d’étude pour étudier les dynamiques spatio-temporelles de ravageurs envahissants (qu’ils soient exotiques ou natifs) des plantes, et ce via deux grands axes : 

1) Dynamique des populations de processionnaire du pin (Thaumetopoea pityocampa) en réponses aux perturbations naturelles et anthropique dans les Landes de Gascogne.

Ce travail s’inscrit dans le cadre du projet européen FORSAID (FORest Surveillance with Artificial Intelligence and Digital technologies, https://forsaid.eu/).

Si l’effet positif à court terme des lisières créées par une tempête sont documentés pour T. pityocampa, les effets à plus long terme sur les dynamiques spatio-temporelles des populations l’est moins. Les données d’observation de la densité de nids de T. pityocampa récoltées par les correspondants-observateurs du Département Santé des Forêts (DSF) suggèrent une réponse nette des populations de T. pityocampa à la tempête via, par exemple des niveaux de densités de nids records immédiatement après la tempête Klaus de janvier 2009. Cependant, une réduction graduelle des densités est ensuite observée lors des cycles de population suivants, se concluant par des niveaux historiquement bas lors des derniers cycles observés. Par ailleurs, la distribution spatiale des densités de nids n’apparaît pas homogène à l’échelle du massif des Landes de Gascogne : des phénomènes de diffusion en vagues spatiales ont potentiellement eu lieu (i.e., fortes densités de nids dans les zones les plus endommagées par la tempête qui se diffusent aux zones moins impactées, un phénomène appelé « spillover »). Dans ce contexte, votre mission sera d’analyser ces patrons à l’aide des données récoltées par les correspondants-observateurs du DSF ainsi que les données de défoliation issues des outils de télédétection produites à partir de 2016. En parallèle, vous utiliserez les données raster Européennes de perturbations forestières pour calculer les proportions et la configuration des surfaces affectées par la tempête ainsi que celles des coupes régulièrement pratiquées dans le cadre de la sylviculture du pin maritime (Pinus pinaster).

En complément, vous pourrez être amené dans le cadre du projet FORSAID à prendre en main et appliquer un modèle mécaniste de dispersion de Monochamus galloprovincialis, coléoptère vecteur du nématode du pin (Bursaphelenchus xylophilus), causant la maladie du flétrissement des pins. En effet, le nématode du pin, espèce de nématode originaire d’Amérique du Nord ayant déjà fortement impacté les pinèdes Portugaises depuis 1999, a été récemment détecté sur pin maritime dans le même massif des Landes de Gascogne. Son impact vient donc s’additionner à celui de T. pityocampa sur l’état sanitaire des arbres du massif.

2) Étude des facteurs clés impliqués dans les invasions de ravageurs forestiers et agricoles

Ce travail s’inscrit dans le cadre du projet européen PhytoPRISM (A Platform for supporting a systems approach in Pest RISk Management, https://cordis.europa.eu/project/id/101287943/fr). Pour cela, vous ferez une fouille de données pour identifier les jeux de données disponibles concernant les plantes hôtes, les facteurs environnementaux notamment le climat, et les paramètres biologiques spécifiques aux espèces invasives permettant d’alimenter les modèles. Ce travail se fera pour 6 ravageurs désignés dans le projet (dont le nématode du pin), et sera étendu autant que possible pour que les modèles génériques développés dans PhytoPRISM puissent être appliqués à d’autres ravageurs. L’enjeu méthodologique est de pouvoir combiner des données biologiques, écologiques et environnementales parfois très hétérogènes, multi-sources, et multi-échelle. Après avoir sélectionné les jeux de données les plus pertinents et les avoir rendus interopérables, vous établirez un protocole précis pour décrire les opérations à effectuer afin de pouvoir les mettre à jour rapidement et de manière standardisée dès que cela s’avérera nécessaire.

Ainsi vos missions seront :

• Le traitement de données spatialisées, utilisation de données de télédétection, analyse statistique des données (i.e., modélisation de l’effet des tempêtes et des coupes rases sur les populations de T. pityocampa), participation à la production scientifique sous forme d’une publication ;
• Application d’un modèle mécaniste préexistant sur la dispersion du nématode du pin ;
• Fouille de données, traitement des données pour les rendre interopérables, écriture d’un protocole pour assurer la répétabilité (principes FAIR).

Vous travaillerez sous la direction des chercheurs de l’unité impliqués dans ces projets.

Formations et compétences recherchées

Titulaire d’un diplôme Bac+5 (Master/ingénieur), vous avez une appétence pour l’analyse de données appliquée à des problématiques écologiques. Vous maitrisez l’utilisation de l’outil R, des approches statistiques et d’un outil SIG. Des connaissances du modèle d’étude seront une valeur ajoutée mais ne sont pas indispensables.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- de la prise en charge à 50 % de votre cotisation à la complémentaire santé collective ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation