Stage Master 2 / Ingénieur 3A - Mise en évidence des facteurs climatiques et phénologiques expliquant la variance observée en termes de présence/absence et de précocité d’épidémies fongiques en France

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

THEMATIQUE

Santé des cultures agricoles, changement climatique, agroécologie

CONTEXTE GENERAL

Dans un contexte de transition agroécologique, et donc de réduction de l’usage des pesticides, mais aussi de changement climatique, nous avons besoin de mieux anticiper les risques de maladies des cultures en climat futur. L’INRAE développe des outils et des méthodes pour expliquer et anticiper les impacts du changement climatique en agriculture. Dans le cadre de ce stage, des données d’épidémiosurveillance et des indicateurs agroclimatiques seront mobilisés afin d’identifier les principaux facteurs qui expliquent la distribution, la fréquence et la précocité des épidémies fongiques sur les cultures. Les résultats pourront ensuite être projetés en climat futur.

OBJECTIFS DU STAGE ET ACTIVITES

Les objectifs du stage sont de :

1. mettre en évidence, sur la France métropolitaine, les facteurs explicatifs de la variabilité des épidémies observées ; ces facteurs explicatifs seront relatifs au climat et au développement de la plante cultivée
2. développer des modèles statistiques afin de prédire spatialement les épidémies
3. projeter, à l’aide des modèles développés, l’évolution des épidémies en climat futur

Deux questions corollaires pourront être abordées au cours du stage:

• La compétition entre plusieurs maladies présentes modifie-t-elle les relations mises en évidence ?
• La diversification des cultures au sein des régions agricoles joue-t-elle sur les épidémies observées ?

Pour cela, nous envisageons les activités suivantes :

• Sélectionner un panel de pathosystèmes d’intérêt au regard de leur impact sur la production agricole ;
• Analyser les données disponibles sur ces pathosystèmes au niveau national en termes de : fréquence de mesures de la maladie, nombre d’années et de sites d’observation, notations de phénologie de la plante hôte ;
• Sélectionner ou construire un panel d’indicateurs agro ou éco-climatiques candidats (Caubel et al., 2015), susceptibles d’expliquer la variabilité des épidémies observées à l’échelle nationale ;
• Rechercher des relations entre ces facteurs climatiques et phénologiques et la fréquence, distribution spatiale et temporelle des épidémies, en mobilisant des méthodes statistiques pertinentes ; des modèles de type random forest, MARS, XGBOOST seront testés et développés, ainsi que des modèles de type Geographically Weighted Regression (GWR), voire d’autres modèles statistiques en fonction des opportunités ;
• Proposer des hypothèses d’interprétation des résultats obtenus (quels liens de causalité ? quels processus potentiellement impliqués ?...) ;
• Dans la mesure du possible, explorer les questions corollaires listées plus haut.

Responsables de stage : Marie Launay (Unité AgroClim) et Samuel Soubeyrand (Unité BioSP)

Stage de 6 mois environ, à partir du 1er février 2027

Formations et compétences recherchées

Deux profils de recrutement possible :

• 1er profil possible : formation en agronomie / épidémiologie et éventuellement en écologie fonctionnelle ; bonne maîtrise de R et expérience de modélisation statistique et de machine learning
• 2ème profil possible : statisticien, data scientist, avec intérêt fort pour les questions environnementales et agricoles.

Goût pour le travail en équipe, bon relationnel, maîtrise des outils informatiques et du traitement de données, rigueur et qualités rédactionnelles.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- de la prise en charge à 50 % de votre cotisation à la complémentaire santé collective ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation