stage M2 - Analyse de la variabilité du nombre de copies de la mitochondrie chez les bovins

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le stage sera accueilli au sein de l’UMR GABI, dont les recherches visent à étudier la structure et le fonctionnement des génomes animaux, à comprendre le déterminisme de caractères complexes et à développer des stratégies de gestion, d’évaluation et d’amélioration des ressources génétiques animales contribuant à des systèmes d’élevage innovants et durables.

Le stage aura lieu au sein de l’équipe GBOS, qui s’intéresse à l’amélioration génétique des bovins et apportera ses compétences en génétique quantitative, génomique bovine et interprétation des variants génétiques.

L’étudiant·e sera co-encadré.e par Dominique Rocha (chercheur INRAE) et Clémentine Escouflaire (Ingénieure Eliance).

 

Sujet du stage :

Les mitochondries sont des organites essentielles, responsable de la production d’énergie des cellules. Les mitochondries possèdent leur propre génome. Plusieurs copies d’ADN mitochondrial (ADNmt) sont présentes dans chaque cellule et l’abondance de cet ADNmt varie selon le type de cellule et le tissu. Le nombre de génomes mitochondriaux dans une cellule, généralement appelé nombre de copies d’ADN mitochondrial (mtDNA-CN) est donc potentiellement informatif de la fonction des mitochondries.

Il est possible d’estimer le mtDNA-CN à partir de puces SNPs existantes et des travaux effectués chez l’Homme ont montré des associations entre mtDNA-CN et phénotypes métaboliques, maladies neurogénératives, maladies cardiovasculaires, cancers, mortalité. Le mtDNA-CN semble donc être un phénotype prometteur mais l’analyse de sa variabilité chez les bovins n’a été que peu exploré à ce jour.

Grâce au développement de la sélection génomique, des milliers de bovins sont génotypés chaque année. Cependant, l’estimation du mtDNA-CN nécessite d’avoir accès à des variables spécifiques associées au génotypage et qui n’est pas accessibles jusqu’à récemment. Ces nouvelles données offre l’opportunité de caractériser la variabilité du mtDNA-CN à l’échelle de la population et d’étudier son association avec les caractères de production chez le bovin.

L’objectif principal du stage est l’analyse de la variabilité du nombre de copies de mitochondries chez différentes races bovines et d’étudier le lien possible avec des caractères d’intérêt agronomique. Pour cela un outil bioinformatique sera développé.

L’étudiant·e sera accompagné·e par une équipe possédant des compétences complémentaires en bioinformatique, en génétique quantitative et en génomique fonctionnelle.

Une maîtrise de langages de programmation (bash, R ou Python) est souhaitée.

Aucune condition particulière

Formations et compétences recherchées

Profil souhaité

• Master 2 bioinformatique

• Intérêt pour la génétique

• Bon niveau en anglais (lu)

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à 30 jours de congés + 15 jours par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- de la prise en charge à 50 % de votre cotisation à la complémentaire santé collective ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation