Stage M2 : Génomique évolutive et traces de sélection à l’échelle du génome entier chez le peuplier noir.

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Comprendre les mécanismes d’adaptation des arbres à leur environnement contribue au développement d’outils pour l’amélioration et la conservation de ces espèces face à un climat changeant. La génomique des populations, définie comme l’analyse de très nombreux loci le long des génomes et l’inférence de leur effets, contribue à comprendre ces mécanismes d’adaptation (Black IV et al 2001). Entre autres, les scans génomiques, l’association Génomique Environnement (GEA) ou la génétique d’association (GWAS) permettent d’identifier des locus soumis à sélection, associés à un environnement ou à un phénotype (voir Pardo-Diaz et al 2015 pour revue).

Le peuplier noir (Populus nigra spp) est une espèce ligneuse inféodée aux forêts ripariennes et dont l’aire de distribution naturelle couvre une zone géographique parmi les plus larges chez les arbres forestiers (Caudullo et al. 2017), allant de l’ouest de l’Europe jusqu’en Chine. Ainsi, cette espèce constitue un bon modèle pour étudier les mécanismes d’adaptation locale. 

Plusieurs approches nous ont déjà permis d’identifier des traits (Guet et al 2015) et des locus impliqués (Duruflé et al. 2025) dans la différentiation entre populations naturelles, et potentiellement liés à l’adaptation locale bien que ces études étaient limitées par la disponibilité d’information de polymorphisme pangénomique.

Objectif et plan de recherche

L’objectif du stage est de détecter des traces de sélection à l’échelle du génome entier de peuplier par des méthodes de scan génomique. Le travail de stage consistera à analyse un jeu de données de séquençage de plus de 700 génomes entiers d’ores et déjà disponibles. 

Les premières approches classiques basées sur la différenciation entre populations, sur le déséquilibre de liaison et sur les spectres de fréquence allélique (Nielsen 2005) pourront être complétées par des analyses d’association génotype-environnement (Coop et al 2010) et/ou de « genomic offset » (Capblancq et al 2020) qui nécessitent de travailler également sur des données climatiques.

Le stage sera encadré par Véronique Jorge et Harold Duruflé de l’unité BioForA (INRAE, Orléans). L’unité dispose de moyens informatiques et de calculs nécessaires à la réalisation des analyses. Ce stage peut déboucher sur un sujet de thèse.

Formations et compétences recherchées

Bonnes connaissances en génétique des populations.

Connaître les bases de l’environnement et langage R et Unix.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation