Ingénieur-e en analyse et manipulation de données acoustiques pour étudier les effets des immersions de sédiments en milieu estuarien sur les peuplements ichtyologiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’Unité de Recherche « Ecosystèmes aquatiques et changements globaux » (UR EABX) qui mène des travaux sur la caractérisation et la compréhension des réponses de la biodiversité aquatique estuarienne et continentale aux changements globaux. Les recherches de l’UR EABX consistent à mesurer l’impact de stress multiples sur la biodiversité animale et végétale à différents niveaux d’intégration biologique, de l’individu à l’écosystème, et ce avec un objectif couplé de progrès des connaissances fondamentales et d’appui aux politiques publiques en matière de gestion des systèmes naturels. Vous serez accueilli-e au sein de l’équipe FREEMA qui s’intéresse au Fonctionnement et à la Restauration des Ecosystèmes Estuariens et des populations de poissons Migrateurs Amphihalins. Le travail proposé ici sera mené en collaboration avec l’UMR DECOD et l’UMR CARRTEL.

Dans le cadre d’une collaboration entre INRAE et le Grand Port Maritime de Bordeaux (GPMB), l’objectif principal de la mission est de mettre au point une méthode permettant de caractériser les effets potentiels des immersions de sédiments de dragage sur les communautés de poissons dans l’estuaire de la Gironde. Ce travail s’inscrit dans une démarche de recherche appliquée à fort enjeu de conservation. Pour atteindre les objectifs de ce projet, des méthodes acoustiques actives seront mises en œuvre. L’acoustique active, mobilise des outils qui envoient des signaux acoustiques dans le milieu, puis réceptionnent les échos renvoyés par tous les objets présents dans leur faisceau de détection, sans aucune perturbation de la faune aquatique. Grâce aux avancées technologiques des méthodes acoustiques actives, comme les sonars multifaisceaux à très haute fréquence, ou caméras acoustiques, il est désormais possible de générer de véritables images à partir des échos reçus par le sonar, favorisant l’identification des espèces par leurs traits morphologiques et comportementaux. Au cours de ce projet, les zones de travaux et des zones témoins seront prospectées à l’aide de caméras acoustiques, avant et après les travaux d’immersion : les abondances de poissons, leurs classes de taille et, éventuellement, les espèces présentes, seront comparées. Il est envisagé de compléter la méthode d’acoustique active par de l’acoustique passive. Cette approche viserait à caractériser les ambiances sonores avec et sans actions d’immersion en analysant les données ponctuellement enregistrées par des hydrophones, en les mettant en regard des capacités auditives de la faune ichtyologique.

Vous aurez pour mission, appuyé des chercheur.es, ingénieur.es et technicien.nes INRAE spécialisés mobilisés dans le cadre de ce projet : 

• De participer activement à la construction des protocoles d’acquisition des données acoustiques, 
• De participer à la réalisation des campagnes de terrain au cours du printemps 2027, 
• De conduire l’analyse des données collectées en septembre 2026 et en 2027 dans le cadre des campagnes de terrain en proposant des chaînes de traitement des données qui automatiseront leur analyse et faciliteront leur interprétation, en mobilisant des méthodes de vision par ordinateur et d’apprentissage machine,
• D’extraire des vidéos acoustiques des informations telles que le nombre de poissons détectés, leur position dans le faisceau de détection, la distribution en taille de ces poissons, et éventuellement leur espèce, en s’appuyant sur des outils préalablement développés par les équipes d’INRAE,
• De coupler les observations biologiques à la géolocalisation des données, 
• D’évaluer quantitativement les performances des chaînes de traitement développées dans le cadre de ce projet,
• De proposer un outil informatique ou une interface analysant les données brutes et compilant les résultats issus des différentes sources de données (acoustique passive, acoustique active, géolocalisation) facile d’utilisation,
• Appuyer l’équipe dans la rédaction d’un rapport final et participer à la production scientifique si les résultats le permettent.

Ce travail visera à alimenter une meilleure compréhension des impacts environnementaux liés aux immersions, afin d’éclairer la gestion durable des rejets du dragage dans un estuaire à forte valeur écologique. La méthodologie mise au point pourra être transférable à d’autres milieux estuariens.

Travail sur écran 

Sorties terrain occasionnelles à bord d’embarcations dans l’estuaire de la Gironde 

Missions possible à l’UMR DECOD, Rennes.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en Sciences des Données 

Connaissances souhaitées : 

• Solides compétences en développement et en traitement informatique du signal, en analyse d’images, en Systèmes d’Information Géographique (SIG), avec des outils de vision par ordinateur ou d’apprentissage machine, 
• Maîtrise du langage de programmation Python, 
• Une connaissance des écosystèmes aquatiques en particulier estuariens, et des peuplements ichtyologiques sera appréciée mais n’est pas indispensable. 

Expérience appréciée : Une première expérience (6 mois à 1 an) dans un poste similaire est souhaitée

Aptitudes recherchées : Capacité à travailler en autonomie tout en s’intégrant dans une équipe pluridisciplinaire. Sens critique, rigueur scientifique, esprit de synthèse, sens de la pédagogie. Aisance dans la rédaction scientifique et technique (rapports, notes de synthèse).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TER, TBM).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation