Stage : Analyse de données multi-omiques longitudinales pour étudier la résilience animale à l’échelle cellulaire.

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité de recherche GenPhySE dans l’équipe REGLISS du Pôle de Génomique Structurale et Fonctionnelle sur le centre INRAE de Toulouse Auzeville, avec un co-encadrement en distanciel du Laboratoire de Recherche en Informatique de Bordeaux (CNRS). Vous intégrerez un projet de recherche innovant visant à mieux comprendre les déterminants moléculaires de la résilience animale à partir d’analyses de données multi-omiques obtenues au niveau cellulaire. L’objectif est d’identifier les régions génomiques (gènes et régulateurs d’expression) impliquées dans la réponse au stress, de l’exposition à la récupération, et qui permettent en particulier un retour à l’état basal — caractéristique de la résilience. Le projet dans lequel s’inscrit ce stage vise à produire et analyser des données dites « omiques » (en l’occurrence transcriptomiques et épigénomiques) pour caractériser la cinétique d’expression génique et de modification de la chromatine à différents pas de temps après exposition de cellules en culture à des stress (thermiques, hydriques…).

Le stage porte sur la partie d’analyse des données, et plus précisément sur sa mise au point à réaliser avec des jeux de données réelles et de données « semi-synthétiques » afin de tester et comparer les méthodes existantes.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Construire des jeux de données longitudinales multi-omiques (RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq) à partir de données réelles et semi-synthétiques pour permettre de tester les méthodes existantes sur différentes configurations : nombre de répliques, de pas de temps, de conditions, etc. 
• Actualiser l’état de l’art sur les méthodes et outils disponibles pour l’analyse temporelle multi-omique, en particulier pour la caractérisation d’état basal, l’identification de cycles, et la détection de modules communs dans les réseaux multi-omiques longitudinaux. 
• Réaliser un « benchmark » de ces outils sur ces données. 
• Explorer, visualiser, interpréter et valoriser les résultats, en collaboration avec les autres membres du projet. 

Vous aurez un poste de travail informatique avec un accès à la plate-forme de calcul GenoToul. Vous pourrez démarrer sur des données et des méthodes déjà identifiées lors du montage du projet.

Vous travaillerez sous la supervision de Sylvain Foissac (GenPhySE, INRAE Toulouse Auzeville) et de Patricia Thébault (LaBRI, CNRS Bordeaux) au sein d’une collaboration trans-disciplinaire impliquant aussi des collègues de l’IGDR (CNRS, Rennes).

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 (ou équivalent école d’ingénieur / agro / véto) en bioinformatique, biostatistique, biologie computationnelle ou équivalent.

Connaissances souhaitées :

   - Biologie cellulaire et moléculaire : expression génique, épigénomique, protocoles de séquençage

   - Bioinformatique/statistique : analyse de séquences, de données omiques et de réseaux

Compétences attendues :

   - Programmation en R/Python sous environnement Unix/Linux

   - Analyse de données, interprétation et présentation des résultats

   - Installation / exécution de logiciels d’analyse

   - Lecture de documentation et d’articles scientifiques en français et en anglais

Expérience appréciée :  développement de scripts, pipelines ou packages d’analyse, contribution à des projets de recherche, utilisation de cluster de calcul, collaboration interdisciplinaire. 

Aptitudes recherchées :

 - bonnes capacités de communication écrite et orale. 

 - goût pour le travail en équipe. 

 - autonomie, rigueur et esprit critique. 

  - curiosité scientifique et enthousiasme. 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- 2,5 de congés/mois au prorata de la durée de la convention de stage
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation