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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli.e au sein de l’unité TOXALIM, le centre de recherche en toxicologie alimentaire de Toulouse, qui héberge la plateforme d’analyse AXIOM. AXIOM fait partie de METATOUL, la plateforme locale, et de METABOHUB (MTH), l’infrastructure nationale de métabolomique et de fluxomique. Lancée en 2013, MTH est une infrastructure internationale de premier plan au service de plus de 700 scientifiques à travers le monde. MetaboHUB regroupe 6 plateformes nationales comptant plus de 80 collaborateurs permanents, 16 appareils RMN, 68 spectromètres de masse, ainsi que des plateformes robotiques et informatiques. MTH a pour objectif de faire progresser la recherche dans les domaines de la métabolomique, de la lipidomique et de la fluxomique, de l'échelle de la cellule unique à celle de la population. Votre contribution sera utile à un large éventail de chercheurs dans les domaines des biotechnologies, de la santé humaine, de la nutrition et des sciences végétales. Lancée en 2007, MetaToul est une plateforme multi-institutionnelle réunissant l'INRAE, le CNRS, l'INSERM, l'INSA, l'université de Toulouse et les hôpitaux de Toulouse. Certifiée ISC et IBiSA, et reconnue par l'INRAE comme une plateforme stratégique nationale, MetaToul rassemble une cinquantaine de collaborateurs possédant une expertise en biochimie, chimie, bioinformatique, biostatistique, automatisation, spectrométrie de masse, RMN et chromatographie. Ces compétences complémentaires permettent d'étudier le métabolisme grâce à des protocoles de métabolomique, de lipidomique et de fluxomique.

L'un des objectifs de l'infrastructure MTH est la réalisation d'études métabolomiques à grande échelle. Un outil automatisé a été développé pour le prétraitement des spectres RMN 2D générés par ces études à haut débit. Cependant, l'annotation reste un goulot d'étranglement dans les études métabolomiques. Afin de rationaliser cette étape, la base de données spectrale Peakforest et des outils d'annotation automatique ont été développés au sein de MetaboHUB pour partager des spectres RMN 1D et 2D ainsi que des listes de pics. Cependant, l'alimentation de cette base de données prend beaucoup de temps et les outils d'annotation génèrent des métabolites « faux positifs ». 

Le premier objectif de ce poste consiste à développer un outil automatisé permettant d'alimenter la base de données PeakForest avec des spectres RMN de composés standards, afin de faciliter l'extraction :

- des paramètres d'acquisition à partir des fichiers fournis par les fabricants,

- des listes de pics issues de séquences RMN unidimensionnelles et bidimensionnelles, obtenues à l'aide d'outils automatisés tels que celui développé.

Le deuxième objectif consiste à associer ces outils pour permettre l'annotation automatique de spectres RMN complexes à partir des spectres de composés de référence disponibles dans la base de données Peakforest. Enfin, ce poste implique de former les utilisateurs et de les accompagner dans l'utilisation de ces outils.

Plus précisément, vous serez chargé(e) de réaliser :

1.    Le développement d’un outil automatisé permettant de mettre en œuvre la base de données PeakForest à partir de données RMN ;

2.    La combinaison d’algorithmes pour l’annotation automatique de spectres RMN unidimensionnels et bidimensionnels ;

3.    La formation et l’accompagnement des utilisateurs dans l’utilisation de ces deux outils, ainsi que la rédaction de guides destinés aux développeurs et aux utilisateurs.

Le candidat retenu se rendra sur le site du MTH-PFEM à Theix (63) pour travailler sur des questions liées à la base de données PeakForest.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Ingénieur, titulaire d'un master en informatique

Connaissances souhaitées : Programmation (R, Python); Forge (Gitlab, Github); Management base de données; Anglais obligatoire

Expérience appréciée : Développeur junior à intermédiaire (au moins 1 an d'expérience souhaité, mais nous sommes disposés à former et à accompagner le candidat junior qui correspond au profil recherché)

Aptitudes recherchées : Intérêt pour la chimie analytique et la programmation VIBE

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation