Stagiaire en génétique animale et analyse de données omics

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Nous recherchons un stagiaire en génétique animale et analyse de données omics pour contribuer à l’étude de données issues d’ovins allaitants afin de mieux comprendre les facteurs génétiques associés à leur efficience alimentaire.

Vous serez accueilli(e) au sein du laboratoire de recherche GenPhySE dans l’équipe de génétique quantitative MAGE, spécialisée dans l’étude de la variabilité génétique des caractères d’intérêt en élevage.

Le stage vise à déterminer si les caractéristiques du métabolome ruminal peuvent contribuer à prédire l’efficience alimentaire et si elles sont elles-mêmes influencées par la génétique des animaux. Vous contribuerez ainsi à mieux comprendre les liens entre génétique, fonctionnement du rumen et efficience alimentaire, avec des perspectives pour la sélection des ovins.

Dans ce cadre, vous serez en charge des activités suivantes :

Exploration des données

• Réaliser les analyses statistiques descriptives avec R. 
• Exploiter les données individuelles de consommation et de poids recueillies pendant 12 semaines avec deux régimes alimentaires. 
• Explorer les données de métabolome ruminal (et éventuellement de microbiote ruminal). 
• Interpréter les résultats dans un dispositif contrasté d’efficience alimentaire. 

 

Analyse génétique et statistique

• Estimer l’héritabilité des métabolites ruminaux mesurés par résonance magnétique nucléaire.
•  Analyser les corrélations génétiques entre les métabolites et les caractères d’efficience alimentaire. 
• Comparer les résultats selon deux régimes alimentaires : concentré et fourrage. 
• Rechercher des régions du génome associées aux métabolites héritables et à l’efficacité alimentaire. 

Selon l’avancée du stage, vous pourrez participer à une campagne d’échantillonnage et visiter les sites expérimentaux.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes étudiant-e en Master 2 ou en école d’ingénieur, avec une formation en génétique animale, production animale, statistiques ou analyse de données.

Une première expérience ou un goût pour l’analyse de données scientifiques et/ou la génétique quantitative est souhaitée.

Savoir-faire :

• Maîtriser R pour le traitement et l’analyse de données. 
• Réaliser des analyses statistiques. 
• Comprendre et interpréter des données de génétique quantitative. 
• Manipuler et exploiter des bases de données scientifiques de grande taille. 

Savoir-être :

• Rigueur dans l’analyse des données. 
• Goût pour la génétique et les biostatistiques. 
• Capacité à travailler en équipe. 

Votre qualité de vie à INRAE

• Sujet innovant à l’interface de la génétique, des omics et de la nutrition animale
• Données riches et valorisables scientifiquement (publication possible)
• Poursuite en thèse envisageable

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation