Stage de master (ou équivalent) sur l'automatisation de la détection des comportements sociaux des coqs à partir d'enregistrements vidéo

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe GENUTS (Génétique, Nutrition, Systèmes) dans l’UMR BOA (Biologie des Oiseaux et Aviculture) située à Nouzilly (25 km de Tours, transports quotidiens depuis Tours), sous la supervision Julie Collet et dans l’equipe du SYSAAF sous la supervision de Romulad Rouger. L’unité BOA mène des recherches sur les oiseaux d’élevage, du niveau moléculaire à l’animal dans son environnement. Elle a pour objectif de produire des connaissances en physiologie, nutrition et génétique, et de contribuer à la transition agroécologique des systèmes d’élevage (respect de l’environnement, bien-être animal et qualité des produits). Le SYSAAF, Syndicat des sélectionneurs avicoles et aquacoles français, regroupe des généticiens experts en sélection génétique et génomique et gestion de la biodiversité pour mettre en œuvre des programmes de gestion ou d'amélioration génétique à des fins commerciales ou de maintien de la biodiversité.

Vos travaux s’inscriront dans le cadre du projet INRAE REGENERE (Révéler les effets Environnementaux et les interactions GxE, géNÉrés par la Reproduction au sol) et plus particulièrement la thèse de Lise Baux (Reproduction des coqs au sol : Evaluer la faisabilité et comprendre l’opération de la sélection sexuelle pour maintenir la diversité génétique dans les lignées de sélection).

Nous proposons un stage de master (ou équivalent) pour un-e étudiant-e motivé-e pour évaluer la faisabilité d’un phénotypage à haut débit des comportements sociaux chez les coqs à l’aide d’outils d’intelligence artificielle. Le travail s’articulera autour de trois axes complémentaires : 1) augmenter la base de données annotée de comportements sociaux de reproducteurs de trois lignées de poulets de chair ; 2) mettre au point un modèle de reconnaissance automatique d’un ou plusieurs comportements sexuels et sociaux ; 3) Etablir les hiérarchies au sein des troupeaux en comparant différentes méthodes d’attribution. Pour cela, l’étudiant-e s’appuiera sur les enregistrements vidéo réalisés en parquets d’une centaine de coqs et poules adultes. Les résultats attendus comprennent un prototype de chaîne de traitement et une évaluation de ses performances en matière de reconnaissance des comportements sociaux des animaux, ainsi qu’une attribution de statuts sociaux pour les mâles de cinq lots indépendants.
 

Formations et compétences recherchées

• Etudiant-e en sciences du comportement, productions animales avec un fort intérêt pour l’utilisation d’outils de machine learning ou
  Etudiant-e en science des données avec in fort intérêt pour le comportement animal
• Capacité à annoter de longues heures de vidéo
• Compréhension des outils statistiques (R/ Python), machine/ deep learning (eg. YOLO), et d’annotation comportementales (eg. Boris)
• Esprit pratique, analyse critique des données, capacité à travailler en autonomie et en équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation