Paramètres génétiques et détection de régions génomiques associées à des caractères d’intérêt chez la chèvre Corse

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

La chèvre Corse est une race locale caractéristique de l’élevage caprin en Corse, reconnue officiellement depuis 2003. Depuis cette date, un programme de sélection a été mis en place, avec notamment le déploiement du contrôle des performances en ferme et la gestion collective des boucs de monte naturelle.

L’essor de la génomique ouvre aujourd’hui de nouvelles perspectives pour la sélection de cette population. Les données génomiques permettent notamment d’améliorer la connaissance de la variabilité génétique des caractères d’intérêt et d’envisager une sélection plus efficace, particulièrement dans un contexte où les généalogies sont peu renseignées et le nombre d’animaux avec des performances enregistrées reste limité.

Depuis janvier 2025, le projet Genoty’Capra, financé par l’ODARC (https://www.odarc.corsica/), vise à caractériser la variabilité génétique de la race caprine Corse. Dans une quinzaine d’élevages, des performances sont enregistrées pour différents caractères d’intérêt pour les éleveurs et en parallèle, des animaux sont génotypés à l’aide d’une puce SNP Illumina (femelles adultes et boucs de monte naturelle).

Ces données constituent une opportunité unique pour réaliser une première caractérisation génétique des performances de la race afin d’optimiser le programme de sélection en intégrant de nouveaux caractères, de façon à mieux répondre aux objectifs de la filière.

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GenPhySE (Génétique, Physiologie et Systèmes d’Élevage), sur le centre INRAE Occitanie-Toulouse.

L’unité, qui compte environ 150 agents, conduit des recherches visant à mieux comprendre les processus génétiques et physiologiques à l’origine des phénotypes des animaux d’élevage, en intégrant les animaux dans leurs systèmes de production.

Le stage s’inscrira dans un environnement scientifique stimulant, au sein d’une équipe travaillant sur la génétique et la génomique des animaux d’élevage, avec des interactions régulières entre recherche et acteurs des filières.

Votre mission consistera à mobiliser des données phénotypiques et génomiques réelles, issues d’élevages, et de contribuer à une problématique directement en lien avec les enjeux de sélection et de durabilité des systèmes d’élevage caprins.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Identifier les facteurs de variation des différents caractères étudiés afin de mieux comprendre les sources de variabilité des performances ;
• Estimer les paramètres génétiques pour les différents caractères d’intérêt ;
• Réaliser des analyses GWAS (Genome-Wide Association Studies) afin d’identifier d’éventuelles régions du génome associées aux caractères étudiés et d’améliorer la compréhension de leur déterminisme génétique.

Vous travaillerez au contact des différents acteurs impliqués dans le projet Genoty’Capra : chercheurs et ingénieurs, gestionnaires du schéma de sélection, opérateurs de la collecte des données et éleveurs. Des échanges réguliers permettront de mieux comprendre les enjeux et contraintes de la sélection en race caprine Corse et de présenter les résultats obtenus. 

Des sorties sur le terrain seront également organisées, notamment dans des élevages caprins de métropole, afin de découvrir la filière, les pratiques d’élevage et le fonctionnement d’un schéma de sélection.

Formations et compétences recherchées

Connaissances souhaitées : zootechnie, génétique animale

Aptitudes recherchées : statistiques et analyse de données ; rigueur, autonomie et capacité à travailler en interaction avec différents interlocuteurs

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation