Introgression d’un allèle d’intérêt dans une population ovine allaitante : diffusion et effets sur la diversité génétique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe SESAME au sein de l’unité mixte de recherche GenPhySE, dont les recherches visent à contribuer à la transition agroécologique des systèmes d'élevage par une meilleure compréhension de la biologie des animaux d'élevage, du déterminisme génétique des caractères et des stratégies de sélection de populations animales résilientes. L'unité réunit des compétences en biologie, physiologie, génomique, génétique, statistiques et bioinformatique. Au sein de cette unité, vous rejoindrez l'équipe Stratégies Génétiques pour la Multi-performance des Systèmes d'Elevage, qui modélise et conçoit de nouvelles stratégies de sélection pour des petits ruminants, porcs et lapins adaptés au changement global.

Contexte scientifique
Durant ce stage, vous étudierez l’introgression d’un allèle d’intérêt dans une population ovine allaitante. L’introgression d’allèles est un processus central dans l’évolution des populations, influençant leur structure génétique, leur adaptation et leur diversification au cours du temps. Bien documentée en milieu naturel, elle est également utilisée dans les populations domestiques afin d’introduire rapidement des caractères d’intérêt pour optimiser les performances d’élevage.
Dans le cadre du schéma de sélection ovin allaitant GID Lacaune, une introgression ciblée d’un allèle d’intérêt agronomique par rétrocroisements successifs a été réalisée à partir de quelques mâles de race Texel Belge. Cet allèle favorise une augmentation du développement musculaire, ce qui présente un intérêt direct pour les performances bouchères. Introduit par croisements dirigés, il a ensuite été largement diffusé dans la population sous sélection GID Lacaune via l’utilisation de mâles d’Insémination porteurs entre 2013 et 2026. Cette diffusion rapide, issue d’un nombre restreint d’animaux fondateurs, constitue un cas d’étude particulièrement pertinent pour analyser les conséquences évolutives d’une introgression récente dans une population domestique.
L’introgression de cet allèle répondait à un objectif d’amélioration rapide des performances bouchères. Cependant, les effets de cette introgression sur la diversité génétique et notamment la consanguinité n’ont pas été évalués, malgré son rôle clé dans la gestion durable des populations sélectionnées. L’objectif de ce stage sera d’évaluer : Comment l’introgression de cet allèle a influencé la structure génétique de la population ovine allaitante GID Lacaune ?

Objectifs
Vous serez plus particulièrement en charge de répondre à deux objectifs :
1
- Caractériser le fonctionnement du schéma de sélection sur la période 2013–2026 afin de comprendre les modalités de diffusion de l’allèle introgressé au sein de la population.
2
- Décrire la structure génétique de la population, en particulier en termes de diversité génétique et notamment de consanguinité, à l’échelle de l’ensemble du génome ainsi qu’au voisinage de l’allèle introgressé.

Méthodes
Ces analyses s’appuieront sur des données de pedigree, des données de génotypage du locus de l’allèle introgressé et des données génomiques issues de puces basse densité (environ 10,000 marqueurs) et moyenne densité (environ 50,000 marqueurs). Différents estimateurs des coefficients de consanguinité, tels que les coefficients dérivés des pedigrees et ceux basés sur les runs of homozygosity pourront être calculés à partir de ces informations.

Enjeux
À plus long terme, ces résultats permettront d’évaluer les compromis entre amélioration des performances et maintien de la diversité génétique, afin d’alimenter la réflexion sur la gestion génétique de ce schéma de sélection.

Acquisition de compétences
Le stage permettra d’acquérir des compétences en gestion, traitement et analyse de données génomiques, en analyse de pedigree, ainsi qu’en programmation sous R. Le/la stagiaire développera également son autonomie dans la conduite d’analyses, l’interprétation des résultats et leur présentation. Ces compétences sont directement transférables aux domaines de la génétique, génomique et analyse de données. Ces compétences pourront notamment être valorisées dans le cadre d’une poursuite en thèse.
 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Ingénieur agro/agri ou élève de Master 2
Connaissances souhaitées : Connaissances en zootechnie et/ou génétique
Expérience appréciée : Analyse de données ou expériences de terrain
Aptitudes recherchées : Rigueur scientifique et intérêt pour le traitement et l’analyse de données, Intérêt pour les systèmes de production animale, Capacité de rédaction.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation