Post-doctorat (H/F) — Épidémiogénétique de la résistance à la coccidiose chez le poulet

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'unité mixte de recherche INRAE « Génétique Animale et Biologie Intégrative » (GABI, 130 agents permanents, département GA « Génétique Animale ») sur le site INRAE de Jouy-en-Josas (78), à proximité de Paris. Au sein de GABI, vous intégrerez l'équipe GeMS : « Génétique, Microbiote, Santé ». L'équipe étudie l'impact combiné de la génétique, du microbiote intestinal et de l'immunité, ainsi que leurs interactions, sur la santé des porcs et des poulets. Elle analyse le déterminisme génétique de la résistance à des agents pathogènes spécifiques et développe des approches de biologie intégrative pour identifier des biomarqueurs prédictifs ou des signatures de bonne santé exploitables en élevage et/ou pour la sélection.

Votre mission s'inscrira dans le partenariat européen EUPAHW (European Partnership on Animal Health and Welfare), au sein de l'activité SOA23 consacrée aux approches épidémiogénétiques de la santé animale. Améliorer la résistance des élevages aux maladies infectieuses est un levier majeur de la transition agroécologique, du bien-être animal et de la réduction des intrants. La coccidiose aviaire, endémique et coûteuse, illustre bien cet enjeu : la résistance croissante des Eimeria aux anticoccidiens et le coût des vaccins rendent nécessaire le recours à des stratégies alternatives, parmi lesquelles la sélection génétique. Or les modèles de génétique quantitative classiques prédisent mal l'effet de la sélection sur la prévalence d'une maladie infectieuse, car ils ignorent les interactions hôte-hôte et la dynamique de transmission au sein des groupes. L'épidémiogénétique combine épidémiologie et génétique pour orienter la sélection vers des caractères favorisant la santé animale face aux maladies infectieuses, non seulement à l'échelle individuelle, mais aussi au sein du groupe. Le poste s'appuiera sur les données de l'expérimentation EPIDGENCO, déjà conduite, dont le dispositif constitue une ressource rare à l'échelle internationale. Deux lignées de poulets contrastées — la race Fayoumi, réputée résistante à la coccidiose, et une lignée commerciale de poulet de chair — ont été élevées en petits groupes au sein desquels un seul animal a été inoculé par Eimeria acervulina, permettant de suivre la dissémination naturelle du parasite vers ses congénères naïfs. Chaque animal a fait l'objet d'un suivi individuel quotidien pendant un mois, associant mesure de l'excrétion d'oocystes et mesure du poids, complété par des données d'ingestion, un score lésionnel et des prélèvements biologiques. Ce dispositif ouvre la possibilité d'estimer conjointement plusieurs caractères clés de la réponse de l'hôte, jamais quantifiés simultanément dans cette espèce : sensibilité, infectiosité, durée d'infection, tolérance et croissance compensatrice. Leur estimation et leur comparaison entre races constituent précisément l'objet de ce post-doctorat, ainsi que l’exploitation de ses résultats pour des études de simulation et modèlisation.

Vous serez plus particulièrement en charge de valoriser ce jeu de données et de le relier à un cadre de modélisation épidémiogénétique, autour de trois axes :

1. Analyse des données expérimentales — estimer et comparer les paramètres épidémiologiques et de production des deux races à partir des courbes d'excrétion et de croissance, en mobilisant des modèles de dynamique d'infection de type SIR. Ce travail prolonge et confronte aux données réelles le modèle de simulation développé dans Ithurbide et al. 2026 (doi.org/10.1371/journal.pone.0343712).
2. Modélisation et simulation — mobiliser le contraste phénotypique observé entre races comme borne supérieure de la variabilité génétique mobilisable, afin de définir une gamme de paramètres génétiques plausibles pour les cinq caractères étudiés. Couplés au modèle épidémiologique, ces paramètres permettront de simuler des épidémies de coccidiose dans un grand nombre de situations et d'élevages virtuels intégrant une variabilité génétique entre animaux. Ces simulations serviront à identifier le compromis entre l'effort de phénotypage (nature, fréquence et résolution des mesures du statut infectieux) et la précision de l'évaluation génétique, y compris pour des caractères à modulation sociale tels que la sensibilité et l'infectiosité. 
3. Valorisation — rédaction d'articles scientifiques, présentation des résultats lors des réunions du consortium EUPAHW et de conférences internationales.

Aucune condition particulière

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : doctorat en génétique animale, épidémiologie, biostatistique, biologie computationnelle ou discipline connexe. 

Connaissances souhaitées : Maîtrise de la programmation statistique (p.ex. R et/ou Python) et de la manipulation de jeux de données complexes, connaissances en modélisation épidémiologique (modèles compartimentaux) et/ou en génétique quantitative

Expérience appréciée : Une expérience en modélisation des maladies infectieuses et/ou en génétique quantitative sera particulièrement appréciée.

Aptitudes recherchées : rigueur, organisation, aptitude au travail en autonomie.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation