Sélection artificielle de microbiotes rhizosphériques pour l’amélioration de l’absorption d’azote chez le maïs

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité mixte de recherche Agroécologie (UMR Agroécologie, Institut Agro Dijon, INRAE) en collaboration avec l’UMR Biogéosciences (Université Bourgogne-Franche-Comté) et l’Université de l’Illinois (États-Unis).

Vous serez plus particulièrement en charge de (environnement de travail et missions) :

• Conduire des expériences de sélection artificielle de microbiotes rhizosphériques sur des lignées de maïs issues de l’Illinois Long-Term Selection Experiment (IHP/ILP), en utilisant des outils de phénotypage haut débit (plateforme 4PMI).
• Analyser les mécanismes impliqués dans l’effet des microbiotes sélectionnés sur l’absorption d’azote (N) par les plantes, via des mesures de flux gazeux (dénitrification, fixation de N₂) et des analyses génétiques (qPCR des gènes du cycle de l’azote).
• Évaluer la stabilité des effets des microbiotes dans différents types de sols agricoles, en collaboration avec les plateformes GISMO (Biogéosciences) et les équipes américaines.
• Participer à la valorisation des résultats : rédaction d’articles scientifiques, présentation dans des congrès internationaux (ex. : miCROPe 2028), et intégration des résultats dans des enseignements.
• Collaborer avec une équipe interdisciplinaire (écologie microbienne, biogéochimie, génétique végétale) et encadrer des étudiants de Master 2 pour certaines tâches expérimentales.

• Déplacements prévus : 1 mois minimum aux États-Unis (Université de l’Illinois) pour des analyses qPCR et des échanges scientifiques.
• Travail en laboratoire et serre expérimentale, avec manipulation de sols, plantes et échantillons microbiens, pouvant nécessiter une présence le week-end
• Utilisation de plateformes analytiques (GISMO, 4PMI) et de logiciels d’analyse de données (R, mixOmics).

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 ou équivalent en écologie microbienne, biologie végétale, ou agronomie, avec une spécialisation en interactions plantes-microorganismes ou cycle des nutriments.

Connaissances souhaitées : 

• Microbiologie environnementale : techniques de caractérisation des communautés microbiennes (metabarcoding, qPCR).
• Physiologie végétale : connaissances sur l’absorption des nutriments (azote) et les mécanismes de réponse des plantes.
• Analyse de données : maîtrise des outils statistiques (R, modèles linéaires généralisés, analyses multivariées).
• Anglais scientifique : niveau suffisant pour rédiger des articles et communiquer avec les partenaires internationaux.

Expérience appréciée : 

• Expérience en culture de plantes (maïs ou autres céréales) et en expérimentation en conditions contrôlées.
• Pratique des techniques de biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR quantitative).
• Connaissance des plateformes de phénotypage ou d’analyse isotopique (un atout).

Aptitudes recherchées :

• Rigueur et organisation : capacité à gérer des protocoles expérimentaux longs (8 générations de sélection microbienne).
• Esprit d’équipe : collaboration avec des chercheurs, techniciens et étudiants de disciplines variées.
• Autonomie et curiosité scientifique : capacité à proposer des solutions innovantes pour résoudre des problèmes techniques.
• Rédaction et communication : aisance pour présenter des résultats à l’écrit et à l’oral.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez selon le type de contrat et sa durée :
- jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle
- d'un accompagnement social et prestations : conseil et écoute, aides et prêts sociaux, CESU etc... 
- de prestations vacances, loisirs, d'activités sportives, culturelles, familiales : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ; billetterie aux tarifs préférentiels
- d'une restauration collective avec une aire de pique-nique 
- de dispositifs de prise en charge partielle par l’employeur des frais de déplacement domicile-travail
- de télétravail autorisé sous conditions définies par la NS en vigueur
- d’un remboursement d'une part des cotisations de protection sociale complémentaire
- de billet congé annuel SNCF
- d’accès facile au Centre INRAE Dijonnais par le tram, le bus + parkings vélos, voitures... 
- d’un accueil au sein de l’association dijonnaise FMR² (Fraîchement et Momentanément Recruté·e·s dans la Recherche)

 

Modalités pour postuler

Par e-mail : Manuel.blouin@institut-agro.fr

Par courrier :  UMR Agroécologie – Institut Agro Dijon, 26 Bd Dr Petitjean, 21000 Dijon