Ingénieur-e biologiste en traitement de données

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Ce poste sera accueilli au sein de l'équipe EcoFlowS, de l’unité RiverLy (Centre INRAE Lyon-Grenoble Auvergne Rhône-Alpes), basée à Villeurbanne. L'équipe EcoFlowS explore l'éco-hydrologie à des multiples échelles spatiales et temporelles pour améliorer la compréhension des liens entre pressions et impacts écologiques dans les bassins versants. Il s'agit ensuite d'identifier des leviers d'action pour accompagner la gestion des débits, la restauration et le monitoring des réseaux hydrographiques. Au sein de cette équipe, la personne recrutée sera encadrée par David Eme et Maxime Logez (EcoFlowS, RiverLy) et par Johan Pansu (LEHNA, Université Lyon1) sur le traitement des données moléculaires et notamment de metabarcoding des macroinvertébrés échantillonnés dans le cadre du RhonEco. RhônEco est un programme de suivi et d’évaluation des effets de la restauration écologique du Rhône en place depuis 1999 (https://www.rhoneco.org). Historiquement centré sur les réponses des habitats et de la biodiversité (poissons et macro-invertébrés benthiques) à la restauration, le programme évolue vers une dimension d’observatoire écologique du fleuve dans un contexte de changements globaux qui a pour but de guider les actions de gestion et de restauration. 

Dans ce cadre, nous recherchons un-e ingénieur-e d’étude qui aura pour missions principales de (i) mettre en œuvre de techniques de biologie moléculaires et de bio-informatiques pour le suivi de la biodiversité et du fonctionnement des hydrosystèmes, (ii) de proposer des analyses à l’échelle des communautés afin de participer à la rédaction des travaux de transmission et de valorisation des résultats (rapports, présentation orale et publications), et (iii) de co-organiser et de participer aux campagnes d’échantillonnage de données biologiques et physico-chimiques du programme RhonEco.

La personne recrutée aura particulièrement en charge de :

1. Adapter et mettre en œuvre le travail de biologie moléculaire permettant d’acquérir les données de metabarcoding des macro-invertébrés benthiques (préparation et homogénéisation des échantillons, extraction ADN, PCRs, contrôle qualité, préparation de librairies de metabarcoding).
2. Réaliser le travail bio-informatique de traitement des données de séquençage, et gérer la traçabilité des analyses de biologie moléculaire et de bio-informatiques afin de faciliter la mise en base de données des données et meta-données.
3. Contribuer à la construction d’une base de référence génétique pour les macro-invertébrés du bassin rhodanien afin d’assigner taxonomiquement les séquences (barcode) d’ADN.
4. Effectuer les analyses statistiques issues des données de metabarcoding obtenues sur différents groupes taxonomiques suivis dans RhonEco (ex : macro-invertébrés, bactéries, archées, diatomées...) afin de mettre en forme les résultats pour leur présentation.
5. Participer à la rédaction de rapports, à la diffusion et à la valorisation des résultats sous forme de présentation orale et de publications.
6. Préparer et participer aux missions d’échantillonnage.
7. Participer à la vie et l’animation du programme RhonEco et de l’équipe EcoFlowS.

Conditions particulières d’activité : jusqu’à un maximum de 2 jours de télétravail par semaine peuvent être organisés, mais ils devront faire l’objet d’un accord avec l’équipe encadrante en fonction des tâches à réaliser. 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en génomique environnementale ou en écologie avec une forte composante en biologie moléculaire appliquée aux sciences de la biodiversité (ex : metabarcoding).

Connaissances et expérience souhaitées : Une très bonne formation et/ou une expérience en écologie moléculaire (extraction d’ADN, PCRs, préparation de librairies) et en bio-informatique en metabarcoding afin de traiter, nettoyer les données séquençage à haut débit, et d’assigner taxonomique les lectures est requise. Une expérience de terrain ainsi qu’une bonne connaissance des concepts écologiques (ex : écologie des communautés), des enjeux associés à la restauration des hydrosystèmes, et des communautés de macro-invertébrés aquatiques seront très appréciées.

Aptitudes recherchées : Nous recherchons une personne motivée, organisée et rigoureuse, avec le goût du travail en équipe mais qui peut également travailler en autonomie. La personne recrutée devra avoir une forte appétence pour le travail de biologie moléculaire et de bio-informatique, mais également de terrain car elle sera amenée à co-organiser (en collaboration avec les partenaires scientifiques du projet) et participer à plusieurs campagnes de terrain par an.  Le permis B est fortement encouragé.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation