Bioinformaticien.ne pour l’analyse de données omiques multi espèces

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) du laboratoire GenPhySE d'INRAE (UMR 1388), qui a pour thématique majeure la caractérisation des causes moléculaires de la variabilité des caractères chez les animaux domestiques. L'équipe est constituée de 8 chercheurs et 6 ingénieurs et techniciens, et accueille des stagiaires et doctorants (plusieurs thèses en cours).

Pour ce poste, vous prendrez part au projet ANR FeedSeq (https://anr.fr/Project-ANR-22-CE20-0040), visant à caractériser les mécanismes biologiques en lien avec l'efficacité alimentaire. Ce caractère est particulièrement d'intérêt dans le contexte actuel d'évolution de la production animale vers des pratiques plus durables puisqu’il permettrait à terme de limiter la production de ressources nécessaires à l’alimentation animale et les déchets qu’ils produisent. Dans ce cadre vous contribuerez à l’analyse de données omiques multiples : génomiques, épigénomiques et transcriptomiques obtenues dans l’espèce porcine. Ces données seront intégrées en utilisant des outils classiques tels que MixOmics ou MOFA. Vous explorerez aussi le potentiel d’utilisation d’outils alternatifs récents, identifiés par une analyse bibliographique. Puis, en lien avec les chercheurs du projet vous contribuerez à une intégration à plus large échelle, au travers d’autres espèces d’intérêt, en première instance le lapin mais aussi d’autres espèces d’élevage telles que les ruminants, afin d’affiner et décortiquer les mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité de ce caractère agronomique important. 

Possibilité de télétravailler 2 jours par semaine

Formations et compétences recherchées

Aptitudes recherchées :

- Expérience de traitement des données omiques (génomique, épigénomique, transcriptomique)
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques
- Connaissance des outils de versionning (github, gitlab)
- Intérêt pour l’épigénétique, la génétique et l’intégration des données
- Intérêt pour le développement de pipelines d’analyse réutilisables et interopérables
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation