Ingénieur-e biologiste en traitement de données

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Ingénieur·e d’études en bio-informatique génomique - Analyse de la recombinaison chez la tomate

Dans le cadre du projet PEPR (Programme d’Equipement Prioritaire de Recherche) Sélection Végétale Avancée DIVEDIT (Promoting AgrobioDIVersity through genome EDITing) ayant pour but d’augmenter la diversité génétique dans les programmes de sélection par l'utilisation de l’édition du génome, l’UR GAFL (Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes) d’Avignon recrute un.e ingénieur.e d’Etudes en Bioanalyses et Bioinformatique pour une durée de 6 mois.

La partie du projet développée au GAFL consiste à étudier l’effet de l’inactivation de gènes régulant la méiose sur la recombinaison génétique chez la tomate (Solanum lycopersicum). La personne recrutée viendra appuyer l’équipe en place pour l’analyse des prototypes (lignées) obtenues par approche d’édition du génome, et en cours d’analyse au laboratoire.

Missions rattachées au poste :

Votre mission consistera à analyser des données de séquençage (short read/ long read) pour caractériser les lignées utilisées ou produites afin : 

D’identifier les gènes introgressés, les variants structuraux et les polymorphismes nucléiques (SNP) dans les régions non recombinogènes

Analyser les recombinaisons génétiques dans des contextes mutants

De générer des jeux de données et des représentations graphiques en vue d’une publication en veillant aux bonnes pratiques (FAIR) de l’analyse des données. 

Votre rôle sera d’analyser les données générées en utilisant les outils appropriés et d’apporter des solutions analytiques à l’équipe de recherche avec laquelle vous collaborerez. Vous interagirez fréquemment avec les personnes du projet en charge de la partie moléculaire du projet, mais aussi avec l’équipe Informatique, Data et Bio-informatique.

 

Activités principales : 

• Collecter, organiser et contrôler la qualité des données de séquençage génomique issues de lectures courtes et longues.
• Réaliser l’alignement des séquences sur les génomes de référence et, si nécessaire, leur assemblage.
• Détecter, filtrer, annoter et interpréter les polymorphismes nucléotidiques, les indels et les variants structuraux.
• Identifier et caractériser les régions génomiques introgressées et les régions présentant une recombinaison réduite.
• Analyser les événements de recombinaison génétique dans les lignées témoins et mutantes.
• Mettre en œuvre, adapter et documenter des pipelines bio-informatiques reproductibles sur un cluster de calcul.
• Réaliser des analyses de génomique comparative et produire des représentations graphiques destinées à l’interprétation des résultats et aux publications scientifiques.

 

 

Formations et compétences recherchées

Compétences :

Formation recommandée : Bac +5 en bio-informatique

Connaissances et compétences recherchées

                Compétences requises

• Connaissances en génétique, génomique et bio-informatique.
• Expérience dans l’analyse de données de séquençage haut débit, issues de lectures courtes (short reads) et longues (long reads).
• Maîtrise des principales étapes d’analyse : contrôle qualité, alignement, assemblage, détection et analyse des SNP, indels et variants structuraux.
• Maîtrise du langage R.
• Connaissance de Python, Bash, Git et des principes FAIR.
• Maîtrise du travail sous environnement Linux.
• Expérience de l’utilisation d’un cluster de calcul avec un ordonnanceur de tâches de type SLURM.
• Expérience dans l’utilisation ou l’adaptation de pipelines bio-informatiques reproductibles, avec un outil tel que Snakemake ou Nextflow.
• Connaissance des outils de gestion de versions, notamment Git, et des outils de conteneurisation tels qu’Apptainer/Singularity.
• Capacité à interpréter des données biologiques, à effectuer une analyse bibliographique et à restituer clairement les résultats.
• Aptitude à travailler en interaction étroite avec les équipes de génétique et de biologie moléculaire.

• Maîtrise de l’anglais scientifique.

  Compétences appréciées

• Expérience en génomique comparative et connaissance d’outils de comparaison, d’alignement et de visualisation de génomes.
• Expérience dans l’analyse et la mise en forme de données scientifiques, ainsi que dans la production de figures de qualité publication.
• Expérience dans l’analyse de la recombinaison génétique.
• Connaissances en génétique végétale.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation