Thèse : en intérêt de la diversification des génotypes pour la résilience des élevages truiticoles

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GABI sur le site INRAE de Jouy-en-Josas (78), 20 km au sud-ouest de Paris, dans l’équipe GUPPIE ‘Génétiques Utiles Pour les Poissons et les Insectes en agro-Ecologie’ qui développe des travaux concernant l’amélioration génétique des espèces aquacoles et apicoles. Votre mission s’inscrira dans le cadre plus large du projet ‘CoBreeding’ porté par l’équipe et financé par l’ANR dans le cadre du PEPR ‘Agroécologie et Numérique’. La thèse vise à poser les bases concrètes d’une conception innovante de plans de sélection multicritères, intégrant la diversité génétique et les interactions sociales, afin de proposer des stratégies garantissant la résilience des élevages piscicoles face aux aléas environnementaux et ainsi favoriser la transition agroécologique. 

En agroécologie, une hypothèse centrale est que la diversification des génotypes renforce la résilience des systèmes de production. Il s’agit d’associer, au sein d’un même système, une diversité d’espèces ou, intra-espèce, des profils génétiques variés. Cependant, cette stratégie de valorisation de l’hétérogénéité génétique des animaux n’emporte jusqu’ici pas l’adhésion de la grande majorité des éleveurs interrogés quelle que soit l’espèce considérée. Ceux-ci perçoivent l’hétérogénéité génétique comme une contrainte pour la conduite du cheptel et un frein à la valorisation commerciale, les marchés privilégiant des lots d’animaux phénotypiquement homogènes à l’achat. Il s’agit donc, pour les généticiens et zootechniciens, d’établir les preuves expérimentales du réel intérêt de la constitution de lots d’animaux génétiquement hétérogènes en termes de résilience des cheptels face aux aléas environnementaux (climat, pathogènes). Or, les preuves expérimentales de cet intérêt sont encore très limitées en élevage.

Ce projet de thèse se concentre sur l’élevage de truites arc-en-ciel et a pour ambition de démontrer, par l’expérimentation, les bénéfices de la diversification des génotypes pour améliorer la résilience et la multi-performance des cheptels face aux stress environnementaux. L’objectif est d’explorer les mécanismes sous-jacents à la résilience collective, notamment en réponse aux stress sociaux et aux perturbations environnementales en élevage. A cette fin, l’expérience de grande ampleur prévue dans le projet ANR PEPR CoBreeding, avec ses 11 modalités de cohabitation entre lignées isogéniques (même génotype pour tous les individus intra-lignée) et lignée synthétique (à forte diversité génétique), est une opportunité unique pour analyser l’effet des interactions sociales et de la diversité génétique sur les trajectoires de croissance, le comportement alimentaire, le stress chronique et le microbiote des truites. La thèse s’appuiera principalement sur l’analyse des données longitudinales (en particulier mesures quasi-mensuelles de croissance, 3 prises de photos pour apprécier l’état de bien-être des poissons, comportement alimentaire et suivi sanitaire sur 9 mois) de cette expérimentation pour en extraire des indicateurs de résilience tout d’abord de chaque génotype pris séparément, puis de considérer les interactions entre génotypes dans ces indicateurs à l’échelle du groupe d’élevage. La disponibilité des séquences des lignées isogéniques et le génotypage des 1500 individus de la lignée synthétique permettront d’identifier les zones du génome associées aux variations des performances observées. Cette expérimentation doit fournir des bases solides pour revisiter les notions de multi-performance et résilience en aquaculture, ainsi que pour ouvrir la voie à des stratégies de sélection innovantes intégrant les effets sociaux et l’optimisation de la diversité génétique intra-cheptel pour améliorer la résilience des systèmes d’élevage piscicole.

Les questions de recherche ainsi que vos activités se diviseront en trois phases principales : 

1. La comparaison des performances entre les 11 modalités du dispositif expérimental permettra de répondre à la question : Quelles sont les différences de performance (moyenne et variabilité au niveau individuel et au niveau du groupe) entre animaux selon qu’ils sont élevés en groupes de même génotype, de deux ou quatre génotypes distincts ?
2. L’analyse des données longitudinales permettra de définir des trajectoires théoriques de chaque génotype et des indicateurs de résilience pour répondre à la question : Quelles sont les modalités d’élevage qui permettent une meilleure résilience du cheptel sur la croissance et le bien-être (limitation du stress) face à des aléas environnementaux ?
3. Les analyses GWAS (Genome-Wide Association Studies) chercheront à identifier le plus précisément possible les zones du génome (QTL – Quantitative Trait Loci) impliquées dans la résilience des truites.

Le.la doctorant.e s’inscrira en thèse à l’école doctorale ABIES de l’Université Paris-Saclay.

Formations et compétences recherchées

➥ Formation recommandée : Master 2 (ou équivalent) avec une spécialisation en génétique quantitative ou biostatistiques  

➥ Connaissances souhaitées : biologie animale, analyse de données longitudinales et/ou génomiques

➥ Expérience appréciée : un stage de niveau master avec des activités de recherche en génétique quantitative ou en aquaculture

➥ Aptitudes recherchées : Rigueur scientifique, curiosité scientifique, capacité d'autonomie et de communication orale et écrite. La maîtrise de l'anglais est nécessaire pour la valorisation de vos travaux.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation