Doctorant-e - Interactions des organismes des sols forestiers dans les processus de décomposition de la matière organique dans un contexte de changement global

Contexte et objectifs

Avec 17 millions d'hectares, les forêts françaises couvrent un tiers du territoire. Elles font face au changement climatique ainsi qu’à une intensification des pratiques sylvicoles visant à satisfaire des besoins croissants pour la bioéconomie et les énergies renouvelables. Les changements climatiques et les choix de gestion, notamment ceux visant à moduler les niveaux de récolte, impactent la biodiversité du sol et, vraisemblablement, de nombreux services écosystémiques qui en découlent. Cependant, la connaissance et la prise en compte de la composante biologique des sols dans les itinéraires de gestion sous climat changeant restent lacunaire, et les liens entre biodiversité et fonctionnement des sols restent extrêmement limités à certains groupes fonctionnels.

La thèse BOSFOR a pour objectifs i) d’étudier conjointement les microorganismes du sol et la mésofaune ; ii) de décrypter les interactions trophiques et fonctionnelles à l’échelle de la métacommunauté ; iii) d’évaluer l’effet de la gestion sylvicole sur la biodiversité tellurique et la dynamique de décomposition de la MO en reliant structure des communautés et fonctions par différentes approches méthodologiques.

Méthodes appliquées et compétences recherchées

Une première analyse critique comparera des outils meta-omiques à partir de différents jeux de données, déjà acquis, ciblant les eucaryotes du sol. Puis, en s’appuyant sur un réseau de placettes forestières instrumentées, une seconde étude visera à valider / invalider les réseaux d’interactions trophiques et fonctionnelles (liens à priori) en étudiant la réponse des organismes à des perturbations trophiques fortes (retrait des litières foliaires et du bois mort). Cette étude fera appel à l’utilisation combinée du metabarcoding (ADNe) et des approches de piégeage plus conventionnelles. Enfin, une approche metatranscriptomique sera exploitée pour décrypter les liens biodiversité – fonctions lors des processus de décomposition de la nécromasse fongique dans les sols forestiers.

Le.la doctorant.e aura une formation initiale en écologie microbienne et/ou écologie des communautés. Des compétences complémentaires sur la faune du sol seront appréciées, mais ne sont pas indispensables. Une expérience pratique dans l'utilisation de techniques de metabarcoding et des analyses statistiques associées est fortement attendue. Affinité pour le travail de terrain et de laboratoire. Qualités de communication (orale et écrite) en français et en anglais. 

Autres informations : La personne recrutée travaillera à la station INRAE de Nancy Grand-Est (commune de Champenoux - 54280). Des missions de terrain seront nécessaires, ainsi que des déplacements à l’IMBE de Marseille (coûts pris en charge par les unités d’accueil). Le permis de conduire B est recommandé. Le/la doctorant(e) bénéficiera des avantages du centre INRAE de Champenoux (gratuité du bus, accès au restaurant du centre au tarif étudiant, salle de sport / terrain de tennis, activités diverses, etc.) et à certaines formations internes (statistiques, analyses sous logiciel R, outil FROGS, etc.)