CONTRAT DOCTORAL : Modélisation de plans de sélection pour la résilience en poules pondeuses

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

➥ Vous serez accueilli(e) en co-encadrement entre deux unités de recherche d'INRAE :

Votre lieu principal d’affectation sera au sein de l’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR PEGASE), située en Bretagne, à 10 km de Rennes. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. Au sein de l’unité, l’équipe Génétique et Génomique Avicole (GGA) étudie, entre autres, l’optimisation des stratégies d’amélioration génétique innovantes pour accroître la multi-performance et la longévité des poules pondeuses, favorisant ainsi des systèmes d’élevage plus résilients. Cette thèse est co-encadrée par des chercheurs de l’unité mixte de recherche Génétique Animale et Biologie Intégrative (UMR GABI), située en région parisienne. Des agents d’INRAE mènent, au sein de leur équipe Génétique Utile Pour les Poissons et les Insectes en agroÉcologie (GUPPIE), des travaux sur la modélisation des plans de sélection pour les espèces élevées en grands groupes. Dans le cadre de ce co-encadrement, des séjours réguliers à Jouy-en-Josas auront lieu, un séjour d’immersion de quelques mois est souhaitable. 

Ce projet de thèse s'inscrit dans un contexte de transition agroécologique où la fin programmée de l'élevage en cage en Europe impose de nouveaux défis. Les systèmes alternatifs (plein air, bio) exposent davantage les poules aux aléas climatiques, sanitaires et aux interactions sociales négatives comme le picage, les animaux évoluant dans de grands groupes. L'objectif de la thèse est de concevoir des stratégies de sélection multicritères pour accroître la résilience des animaux face à ces perturbations, tout en prolongeant la durée de carrière des poules.

➥ Vous serez plus particulièrement en charge de :

L’objectif central de votre thèse sera de développer et d'évaluer, par modélisation stochastique, des stratégies de sélection favorisant la résilience à différentes échelles (population, système et groupe). Vos activités se diviseront en trois phases principales :

• Analyse de données réelles : Vous exploiterez des données commerciales issues du sélectionneur Novogen (portant sur plus de 7000 poules) pour évaluer l’impact des interactions sociales (picage, comportement de ponte via nids électroniques) sur les caractères de production et de qualité des œufs selon le système d'élevage.
• Modélisation des interactions sociales à l'échelle du groupe : Vous proposerez des stratégies de sélection innovantes pour limiter la compétition et favoriser la coopération entre poules élevées en grands groupes (plusieurs milliers d'individus), en utilisant des approches individus-centrés pour simuler l'impact des aléas environnementaux.
• Modélisation multicritère à l'échelle de la population : Vous développerez des modèles et des stratégies de sélection pour préserver la diversité génétique et maintenir l'adaptabilité globale de la lignée.

Cette thèse est co-financée par le département de Génétique Animale d’INRAE et la région Bretagne. Elle s’appuie sur un partenariat public-privé entre INRAE et NOVOGEN, un sélectionneur de poules pondeuses (Plédran, France). 

Durant sa thèse, le.la doctorant.e sera sous la direction conjointe de Nicolas Bédère (UMR PEGASE) et de Florence Phocas (UMR GABI), et co-encadré.e par Sophie Allais (UMR PEGASE). Des rencontres fréquentes avec l’équipe R&D de Novogen auront lieu. Le.la doctorant.e s’inscrira en thèse à l’Institut Agro Rennes-Angers et à l’école doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie, Alimentation (EGAAL) de l’Université de Rennes 1.

Formations et compétences recherchées

➥ Formation recommandée : Master 2 (ou équivalent) avec une spécialisation en génétique quantitative, biostatistiques ou modélisation mathématique

➥ Connaissances souhaitées : Maîtrise avancée des outils statistiques et de la programmation. Des bases en simulations stochastiques seraient un atout majeur

➥ Expérience appréciée : un stage de niveau master avec des activités de recherche en génétique quantitative

➥ Aptitudes recherchées : Rigueur scientifique, curiosité pour les enjeux de la transition agroécologique, capacité d'autonomie et aptitudes à la communication pour interagir avec des partenaires industriels et académiques. La maîtrise de l'anglais technique est nécessaire pour la valorisation internationale de vos travaux

Prise de fonction : 1er octobre ou 1er novembre.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation