CONTRAT DOCTORAL: Critères de sélection des poules pour améliorer leur résilience face aux variations de leur environnement

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

➥ Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité mixte de recherche Physiologie, Environnement et Génétique pour l'Animal et les Systèmes d'Élevage (UMR PEGASE), située en Bretagne, à 10 km de Rennes. Des agents INRAE et Institut Agro y mènent des recherches et dispensent des formations en biologie animale et système d’élevage. 

Au sein de l’unité, l’équipe Génétique et Génomique Avicole (GGA) étudie, entre autre, le déterminisme génétique de l’adaptation des poules pondeuses à des environnements d’élevage innovants et durables. 

L’élevage des poules pondeuses en cage disparaît en Europe, au profit de systèmes alternatifs qui offrent des conditions de vie plus respectueuses du bien-être des animaux. En 2020, 52 % des poules pondeuses étaient élevées dans des systèmes alternatifs à la cage en Union Européenne. Un arrêt de l’élevage en cage dans l’Union Européenne est même programmé à court terme suite à l’initiative citoyenne End the Cage Age.

Dans ces systèmes alternatifs, les animaux sont plus exposés aux aléas qui perturbent leur milieu de vie, tel qu’un épisode de canicule ou l’émergence d’un virus. Il est donc crucial de sélectionner des animaux résilients, c’est-à-dire moins sensibles à ces perturbations.

Grâce à de nouveaux outils de phénotypage à haut débit, tel qu’un nid électronique, nous avons accès à des informations permettant d’étudier les réponses des animaux aux aléas, comme des changements de rythmes de ponte, desquels des indicateurs de résilience peuvent être dérivés.

➥ Vous serez plus particulièrement en charge de :

L’objectif de cette thèse sera de proposer des critères de sélection pour améliorer la résilience des animaux à partir de ces données longitudinales de phénotypage. 

D’abord, il sera nécessaire d’explorer plusieurs indicateurs de résilience (logarithme de la variance des déviations, coefficient de normes de réaction, modélisation et paramètres de courbes, paramètres de la méthode UpDown, paramètres de la méthode GAMs…) et d’en déterminer les paramètres génétiques (héritabilités et corrélations génétiques, y compris avec d’autres critères de sélection). 

Ensuite, le déterminisme génétique de ces caractères sera étudié par détection de QTL. 

Enfin, des simulations permettront d’évaluer l’intérêt d’une sélection sur la résilience selon des scénarios qui diffèrent en termes de fréquences et d’intensité de perturbations climatiques et sanitaires. 

 

➥ Conditions particulières d’activité : 

Cette thèse repose sur un partenariat public-privé entre INRAE et NOVOGEN, un sélectionneur de poules pondeuses (Plédran, France).  La demande de financement de cette thèse sera soumis au dispositif des Conventions industrielles de formation par la recherche (Cifre ; https://www.anrt.asso.fr/fr/le-dispositif-cifre-7844). Ce dispositif permet à l'entreprise de bénéficier d'une aide financière pour recruter un.e doctorant.e dont les travaux de recherche, encadrés par un laboratoire public de recherche, conduiront à la soutenance d'une thèse. Il est nécessaire d'avoir déjà identifié un.e candidat.e qui déposera le dossier de demande de CIFRE.

Durant sa thèse, le.la doctorant.e sera sous la direction de Nicolas Bédère (UMR PEGASE), et co-encadré.e par Ingrid David (UMR GenPhySE) et Nicolas Friggens (UMR PEGASE). Dans le cadre du co-encadrement, des séjours à Castanet-Tolosan (UMR GenPhySE) seront prévus dès qu’ils seront nécessaires. Au sein de Novogen, le.la doctorant.e sera encadré.e par Thierry Burlot (directeur R&D) et Lorry Bécot (généticien), des rencontres fréquentes avec les autres membres de l’équipe R&D auront lieu. Le.la doctorant.e s’inscrira en thèse à l’Institut Agro Rennes-Angers et à l’école doctorale Ecologie, Géosciences, Agronomie, Alimentation (EGAAL) de l’Université de Rennes 1.

Formations et compétences recherchées

➥ Formation recommandée : Master 2 (ou équivalent), avec une spécialisation en génétique quantitative, biostatistiques ou modélisation mathématique

➥ Connaissances souhaitées : Maîtrise avancée des outils statistiques et de la programmation. Des bases en analyse longitudinales seraient un atout majeur.

➥ Expérience appréciée : un stage de niveau master avec des activités de recherche en génétique quantitative ou similaire (modèles linéaires mixtes, voire régression aléatoire)

➥ Aptitudes recherchées : Rigueur scientifique, curiosité pour les enjeux de la transition agroécologique, capacité d'autonomie et aptitudes à la communication pour interagir avec des partenaires industriels et académiques. La maîtrise de l'anglais technique est nécessaire pour la valorisation internationale de vos travaux

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation