Thèse : Développement d’une boîte à outils CRISPR pour la régulation de l’expression de gènes impliqués dans l’adaptation des plantes à leur environnement

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

• Nous recherchons un.e candidat.e avec des connaissances en développement des végétaux et/ou réponse des plantes aux stress abiotiques avec si possible une expérience en édition des génomes pour une thèse de doctorat financée pour 3 ans dans le cadre du projet ANR PEPR SVA MULTICRISPCROP. Le projet porte sur le développement d’une nouvelle génération de régulateurs CRISPR polyvalents et multiplexables, permettant la modulation simultanée de plusieurs gènes à différents niveaux de régulation (génétique et épigénétique). Il vise à conférer aux cultures une tolérance durable à de multiples stress.
• Vous serez plus particulièrement en charge :

- de cloner un panel de nucléases 

- d’évaluer leur localisation nucléaire par microscopie confocale dans des protoplastes 

- d’évaluer leur activité de clivage de l’ADN (PCR multiplex et séquençage d’amplicon) 

- de concevoir et valider des régulateurs génétiques multi-couches

- de produire des lignées de tomate transformées pour appliquer la boîte à outils in planta 

- de réaliser le génotypage et phénotypage de ces plants

- Vous serez responsable du montage des expériences, de la collecte et de l’analyse des données et de leur valorisation sous forme de poster, conférence et publication scientifique.

• Vous intégrerez l’équipe FDFE (Fruit Development, Flowering and Environmental constraints: https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/bfp/Recherche/Equipe-Floraison-Developpement-du-Fruit-et-Contraintes-Environnementales-FDFE) du laboratoire de Biologie du Fruit et Pathologie (https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/bfp) localisée sur le campus de Villenave d’Ornon du centre INRAE Bordeaux-Nouvelle Aquitaine. Vous bénéficierez des infrastructures disponibles sur ce campus (serres, plateforme d’imagerie) et dans les laboratoires voisins, ainsi que des expertises de l’équipe en, génomique, biotechnologie et imagerie. Vous bénéficierez d'un environnement stimulant sur un campus regroupant plusieurs laboratoires de recherche de premier plan travaillant sur les sciences végétales, la pathologie végétale et les sciences de l'environnement, ainsi que des infrastructures de pointe pour la croissance des plantes, la métabolomique et l'imagerie. Des plateformes de cytométrie sont situées sur les sites de l'Université de Bordeaux à moins de 15 minutes du laboratoire. Vous bénéficierez de l'expertise scientifique de vos encadrants directs et des membres de l’équipe FDFE en croissance végétale, biotechnologie, biologie cellulaire, génomique fonctionnelle, imagerie et bio-informatique. 

Déplacements possibles vers les plateformes locales (~15min).

Permis de conduire requis.

Formations et compétences recherchées

• Formation recommandée : Master 2 en science des végétaux, biotechnologie, biologie moléculaire et cellulaire 
• Connaissances souhaitées : une solide formation en biologie moléculaire, en édition du génome et biotechnologie est souhaitée. De bonnes connaissances en biologie du développement des plantes et la volonté d’apprendre les approches de génomique fonctionnelle sont un atout important.
• Expérience appréciée : expérience en microscopie. 
• Aptitudes recherchées : Motivation et intérêt pour développer des outils de biotechnologie pour l’édition du génome. Capacités de communication, y compris en anglais, à l’écrit comme à l’oral. Rigueur et organisation. Soucieux(se) de collaborer avec des collègues d'horizons scientifiques différents (biologistes, bioinformaticiens).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation