Post-doc: Modélisation des interactions plante-nématode pour prédire le développement de la virulence

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez à l'Institut Sophia Agrobiotech (ISA), un institut de recherche international financé par l'INRAE et l'Université Côte d'Azur. Situé à l'interface de l'Environnement et de l'Agriculture, ses principaux thèmes de recherche concernent l'étude des interactions entre les plantes, les agents pathogènes et les symbiotes, ainsi que leur dynamique dans le temps et l'espace. Le chercheur ou la chercheuse en postdoctorat rejoindra l'équipe M2P2 qui développe des approches théoriques pour mieux comprendre le fonctionnement des agroécosystèmes et concevoir de nouvelles méthodes de protection des plantes. Le sujet impliquera également des collaborations avec les équipes GAME et IPN de l'ISA.

Modèles dynamiques des interactions plante-nématode pour prédire le développement de la virulence

Vous participerez au projet européen NEM-EMERGE, qui s’intéresse à l'un des agents pathogènes du sol les plus nuisibles pour les plantes : les nématodes à galles et les nématodes à kystes de la pomme de terre. Le projet explore les principaux facteurs de leur émergence et de leur prolifération : le réchauffement climatique et la sélection génétique. Vous interviendrez dans le WP3 (Work Package 3) : « Sélection génétique : Contrer le développement de la virulence chez les nématodes à galles à reproduction asexuée ». Ce work package vise à développer de nouveaux marqueurs moléculaires de la virulence des nématodes. Ces marqueurs seront mis à profit pour acquérir des séries temporelles de données de population lors d'expériences de compétition entre nématodes virulents et avirulents sur des plantes sensibles et résistantes. Ces données permettront de développer des modèles de prolifération qui appuieront les décisions concernant les mesures de contrôle les plus appropriées.

Vous interviendrez dans la partie modélisation de ce Work Package. En vous basant sur les travaux antérieurs de l'équipe (ex. Nilusmas et al. 2020, Penlap et al. 2026), vous développerez un modèle dynamique compartimental décrivant les interactions entre les plantes et les nématodes à galles. Plus précisément, le modèle prendra en compte la croissance des plantes, la résistance végétale, la consommation des nématodes, la présence de nématodes virulents et avirulents ayant des valeurs sélectives différentes, ainsi que la compétition entre nématodes. Le modèle intégrera l'influence de la température sur la croissance de l'hôte et du ravageur, ainsi que le contournement potentiel de la résistance induit par la température. Cela permettra de prendre en compte l'impact des variations saisonnières et de prédire les conséquences à plus long terme du réchauffement climatique sur le développement de populations de nématodes virulents. Le modèle sera utilisé pour évaluer l'efficacité et la durabilité de mesures de contrôle telles que les rotations de cultures.

Activités

• Développement de modèles mathématiques
• calibration et ajustement du modèle
• simulation et analyse des dynamiques
• écriture d’articles scientifiques, participation à des conférences
• Travail en collaboration avec certains partenaires du projet (Sophia Antipolis, Espagne)

¡ References

J. Penlap Tamagoua, F. Grognard, V. Baldazzi, S. Touzeau, 2026. Plant tolerance is explained by resource-based plant-nematode interactions. Mathematical Biosciences 398:109711. 10.1016/j.mbs.2026.109711

S. Nilusmas, M. Mercat, T. Perrot, C. Djian‐caporalino, P. Castagnone-Sereno, S. Touzeau, V. Calcagno, L. Mailleret, 2020. Multi‐seasonal modelling of plant‐nematode interactions reveals efficient plant resistance deployment strategies. Evolutionary Applications 13(9):2206-2221. 10.1111/eva.12989

Poste à temps plein. Le poste sera encadré par Valentina Baldazzi, Vincent Calcagno, Ludovic Mailleret et Suzanne Touzeau.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Doctorat (PhD) en biologie théorique / mathématique ou dans une discipline connexe.

Compétences requises : Expérience en modélisation de la dynamique des populations / épidémiologie, compétences en programmation (Python, Julia), solides capacités de communication écrite et orale, maîtrise de l'anglais, autonomie et esprit de collaboration.

Compétences souhaitées : Expérience en assimilation de données et en calibrage de modèles.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation