Ingénieur-e en analyses par spectrométrie de masse

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

MAMBO est une des composantes de l’infrastructure nationale distribuée du Grand défi Biocontrôle et de Biostimulation pour l’Agroécologie. MAMBO (ou ModélisAtion Moléculaire pour Optimiser et Développer des Outils d'Évaluation des Bio-solutions pour la Santé des Sols et des Plantes) regroupe 11 partenaires académiques et privées aux expertises complémentaires pour répondre à la perte d'efficacité des bio-solutions (incluant les stratégies de biocontrôle et de biostimulation) lors du transfert technologique du laboratoire au champ. Pour cela, MAMBO s’appuie sur des approches multi-omiques à haut débit combinées à des analyses statistiques avancées et à la modélisation, afin de décrypter les mécanismes moléculaires impliqués et d’optimiser l’évaluation des bio-solutions. MAMBO fournie ainsi une offre de services et de moyens dédiée à la compréhension des modes d’action moléculaire des bio-solutions.

Vous exercerez votre activité au sein de l’UMR1332 Biologie du Fruit et Pathologie, partenaire de MAMBO. Comptant actuellement plus de 150 personnes, y compris le personnel non permanent, l'UMR 1332 BFP est un partenariat entre INRAE (départements Biologie et Amélioration des Plantes ainsi que Santé des Plantes et Environnement) et l'Université de Bordeaux. Il constitue un pilier majeur de la recherche en biologie végétale en Nouvelle-Aquitaine. Parallèlement à ses activités de recherche, l’UMR BFP est fortement impliquée dans l'enseignement et la formation dans le domaine des sciences végétales, mais aussi en microbiologie et en biochimie. Il bénéficie de partenariats solides et d'une grande visibilité internationale, comme en témoignent la coordination de plusieurs projets financés par l'Union Européenne ou de réseaux de collaboration, l'établissement d'un laboratoire international associé avec l'université de Tsukuba au Japon (LIA FReQUenCE) et la participation à plusieurs projets internationaux. L’UMR BFP a également établi des partenariats solides dans plusieurs domaines avec l'industrie ou les organisations de producteurs.

L'équipe MéTA est une équipe pluridisciplinaire (chimie analytique, biochimie, biologie moléculaire, physiologie, statistiques et bio-informatique) qui utilise des approches de Biologie Systémique pour comprendre le métabolisme et la manière dont il participe à la performance des plantes, que ce soit en termes de rendement ou d'adaptation aux stress abiotiques et biotiques. L'équipe génère de grands ensembles de données pour développer, paramétrer et valider des modèles prédictifs. Des modèles mathématiques ascendants (des mécanismes au phénotype) sont utilisés pour comprendre comment les flux et les concentrations de métabolites sont contrôlés. Les modèles descendants (du phénotype aux mécanismes) sont utilisés pour rechercher des marqueurs métaboliques associés à la performance, première étape vers l'identification des mécanismes sous-jacents. Si l'équipe s'est concentrée ces dernières années sur le métabolisme central, elle s'intéresse désormais également au métabolisme redox ainsi qu'au métabolisme secondaire, notamment en raison de leur implication dans l'adaptation à l'environnement. L'équipe MéTA héberge également l'installation Bordeaux Metabolome qui permet une large gamme de métabolomique ciblée et non ciblée.

Dans ce contexte, votre mission consistera à développer des méthodes d’analyses par spectrométrie de masse (MS) ciblées et haut-débit grâce à l’utilisation d’une plateforme robotisée présente sur l’ISC Bordeaux Metabolome, afin de pouvoir fournir à termes un service de mesure de régulateurs métaboliques, en particulier ceux liés au métabolisme redox (ascorbate, glutathion, nucléotides à pyridine, formes actives de l’oxygène, etc.) et hormonaux. Les développements s’inscriront dans une démarche FAIR, afin de garantir au maximum l’interopérabilité des données.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Développer des méthodes de profilage MS haut-débit pour l’analyse ciblée de régulateurs métaboliques de plantes (redox, hormones) par LCMS et ICMS dans des matrices végétales (feuilles, fleurs, fruits, rhizosphère, etc.) ;
• Développer des méthodes de profilage MS haut-débit du ionome pour l’analyse ciblée d’ions majoritaires dans des matrices végétales (feuilles, fleurs, fruits, rhizosphère, etc.) ;
• Construire des banques de données spectrales à partir d’une chimiothèque diversifiée afin d’améliorer les niveaux de confiance dans l’annotation de métabolites végétaux et rhizosphériques.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Niveau BUT, Master ou Ingénieur en analyses chimiques ou biochimiques.

Connaissances souhaitées : Connaissances en MS, métabolisme végétal et métabolomique.

Expérience appréciée : Expérience en MS (LC ou GC-MS) et développement d’analyses biochimiques.

Aptitudes recherchées : Autonomie, organisation, travail en équipe, esprit créatif. Motivation pour travailler dans un environnement pluridisciplinaire (biologistes, (bio)chimistes). Bonnes capacités de communication et de rédaction.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation