Ingénieur-e d’étude en bioinformatique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Présentation plateforme:

Depuis 2003, la Plateforme de transcriptomique végétale de Paris-Saclay (POPS) met à la disposition des laboratoires universitaires et privés des outils d’analyse transcriptomique par séquençage d’ARN à haut débit (RNA-seq). Nous sommes spécialisés dans l'analyse des plantes, qu'il s'agisse d'organismes modèles ou de plantes cultivées. Le service proposé comprend la génération de données RNA-seq, des analyses bioinformatiques et statistiques, ainsi que des conseils pour l'interprétation des résultats. Nous accompagnons ainsi nos collaborateurs depuis la conception de l'expérience jusqu'à l'interprétation des données. La plateforme est certifiée pour l'ensemble de ses activités conformément aux exigences de la norme ISO 9001 depuis 2012. Afin de fournir à chaque client l'analyse la mieux adaptée à ses questions biologiques, nous disposons de l'équipement et des outils d'analyse bioinformatique et statistique nécessaires à l'assemblage de novo du transcriptome, à l'analyse des ARN polyadénylés et non polyadénylés, des petits ARN (miARN, siARN, ribo-seq, etc.) et des ARN polyadénylés à partir de quantités initiales très faibles (jusqu'à 50 pg). Pour les analyses d'expression spécifiques à un tissu, nous proposons également des analyses de transcriptome après microdissection au laser ou analyse de cellules individuelles à l'aide de protocoles développés en interne.

POPS recrute un.e bioinformaticien.ne (Ingénieur.e d’étude) pour participer au projet Plant2Pro Pheno-transcriptome. Ce projet est mené en collaboration avec les équipes IPM et ADEP. Dans le cadre de ce projet, 1 400 échantillons provenant de trois populations de ségrégation de blé du projet ATTILA, cultivées dans des champs expérimentaux afin de tester leur résistance à l’agent pathogène responsable de la septoriose, Zymoseptoria tritici, seront analysés par séquençage d’ARN (RNA-seq) à l’aide de la technologie 3’ BRB-seq. À partir de cet ensemble de données, une analyse TWAS sera réalisée, ainsi que l’intégration des données d’expression dans l’analyse QTL (en appliquant la stratégie développée par Yacine Djabali au cours de son doctorat) pour chaque population de ségrégation. En parallèle, à l’aide de la capture de séquences, nous étudierons la structure génétique des populations de Zymoseptoria tritici. 

Mission:

La mission consiste à gérer et à analyser les données de séquençage d'ARN (RNA-seq) du projet. 

Elle comprend notamment :

- l'optimisation du traitement bioinformatique des données 3’seq pour les espèces polyploïdes (à l'aide de Peak2utr, par exemple) ;

- la conception de sondes de capture pour Zymoseptoria tritici ;

- la réalisation d'analyses TWAS pour les populations de ségrégation de blé ;

- l'intégration des données d'expression dans l'analyse des QTL ;

- la mise en place de pipelines intégrés pour ces analyses.

Formations et compétences recherchées

Compétences:

Les candidats devront avoir une expertise dans l’analyses de données transcriptomique et génomique en lien, si possible, avec des espèces de plantes cultivées.

Profil des candidats:

Les candidats doivent être titulaires d’un diplôme de niveau bac+5 (Master, ingénieur ou equivalent) en bioinformatique, statistique ou un domaine similaire avec une expérience démontrée en génomique.

POPS est engagée dans la promotion de l’égalité entre les genres, ainsi les candidates sont encouragées à postuler.

 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation