Métabolomique prédictive appliquée à la collection d’igname du CRB-Plantes Tropicales : vers une meilleure compréhension des phénotypes

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Acronyme du projet : MéTACOR

• Résumé du projet :

Le projet MéTACOR propose une approche innovante pour lever les verrous de la sélection variétale chez l’igname (Dioscorea spp.), une culture orpheline essentielle à la sécurité alimentaire des régions tropicales, mais confrontée à des contraintes biotiques et abiotiques croissantes. En exploitant la diversité génétique de plus de 400 accessions conservées au CRB-Plantes Tropicales (Guadeloupe), ce projet vise à développer une stratégie de sélection métabolomique prédictive, combinant l’analyse haut débit du métabolome foliaire et rhizosphérique par LC-MS, le profilage des composés redox (marqueurs de résilience), et des outils de machine learning pour identifier des biomarqueurs associés à des traits agronomiques clés (rendement, tolérance aux pathogènes, qualité nutritionnelle). 

L’originalité de MéTACOR réside dans l’intégration des interactions plante-sol-microbiome, permettant de dissocier les contributions génotypiques et environnementales aux phénotypes observés, ainsi que dans la comparaison systématique des profils métabolomiques in vitro (vitroplants) et in situ (champ). Les données, traitées via des pipelines bioinformatiques avancés (MS-DIAL, GNPS), seront modélisées pour générer des prédictions validées sur des jeux de données indépendants, avec une annotation fonctionnelle des métabolites prédicteurs. 

Ce projet, mené en collaboration entre l’UMR BFP (Bordeaux) et les unités ASTRO/PEYI (Guadeloupe), s’inscrit dans une dynamique de science ouverte, avec un dépôt des résultats dans des entrepôts publics (MetaboLights) selon les principes FAIR. À terme, MéTACOR fournira des outils concrets pour accélérer l’amélioration variétale de l’igname, une espèce sous-étudiée mais cruciale pour l’agriculture résiliente, tout en formant un·e doctorant·e à l’interface de la métabolomique, de la bioinformatique et de l’agronomie tropicale

Formations et compétences recherchées

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

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- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
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