Ingénieur·e d’étude pour la détection d’anomalies du couvert végétal à partir d’images satellites

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’unité BioSP, Biostatistique et Processus Spatiaux, localisée sur le centre INRAE Provence-Alpes-Côte d’Azur, site d’Avignon, recrute un·e ingénieur·e d’étude qui travaillera en lien avec l’équipe OPE de BioSP impliquée dans la Plateforme d'Epidémiosurveillance en Santé Végétale (ESV) et l’équipe Recherche de BioSP.

La Plateforme ESV contribue à améliorer la surveillance de la santé des végétaux en France, en appui aux politiques publiques et aux acteurs chargés de l’épidémiosurveillance. Dans ce cadre, le poste s’inscrit dans un contexte de renforcement de la surveillance du dépérissement des végétaux, avec une application prioritaire à la détection d’anomalies potentiellement liées au dépérissement dû à des micro-organismes pathogènes. La mission sera effectuée dans le cadre d’un travail d’équipe, incluant ingénieur.e.s et chercheur.e.s.

Le travail portera sur l’exploitation de séries temporelles d’images satellitaires Sentinel-2 pour détecter des anomalies de couvert végétal pérenne, avec comme cas d’étude durant le contrat le dépérissement lié au nématode du pin. L’objectif n’est pas de produire un diagnostic direct de présence du nématode, mais de développer et évaluer une méthode permettant de repérer des arbres ou peuplements présentant des signaux spectraux anormaux, afin d’orienter la surveillance de terrain.

La personne recrutée aura pour mission de développer, adapter et évaluer une chaîne de traitement de séries temporelles Sentinel-2 pour la détection non supervisée d’anomalies de végétation sur couvert végétal pérenne, avec des données de validation issues du terrain.

Le travail visera notamment à adapter les méthodes et les outils sous-jacents à des approches de détection d'anomalies telles que celle implémentée dans le package fordead (de Boissieu, F., Fernandez, É., Dutrieux, R., Ose, K., & Féret, J.-B. (2026). Fordead: A python package for vegetation anomalies detection from SENTINEL-2 images (v2.1.1). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.18980991). 

La personne recrutée sera chargée de :

• délimiter les zones de pins en croisant les données satellitaires avec des données d’occupation du sol ou des données forestières ;
• récupérer, organiser et prétraiter des séries temporelles d’images Sentinel-2 sur les zones d’étude en mettant en œuvre une chaîne reproductible de traitement des images : sélection des bandes spectrales, masquage des nuages, correction/filtrage temporel ;
• construire des séries temporelles de variables spectrales et autres indices pertinents pour le suivi du dépérissement des végétaux ;
• développer et tester une approche (non supervisée ou calibrée sur des données négatives) de détection d’anomalies, en tenant compte de la saisonnalité, de la variabilité interannuelle et autres caractéristiques pertinentes ;
• évaluer les performances de détection : sensibilité, spécificité, précision, taux de fausses alertes, capacité de détection à l’échelle du pixel à l’aide de données de validation ;
• produire des cartes d’anomalies facilement exploitables par les acteurs de la surveillance et de la prospection ;
• documenter les méthodes, les scripts, les jeux de paramètres et les limites d’utilisation ;
• contribuer à la mise en place d’une chaîne de traitement opérationnelle intégrée au système d’information de la Plateforme ESV.

Formations et compétences recherchées

Formation Bac+5 en statistique, télédétection, géomatique, science des données, analyse de données spatiales, sciences de l’environnement ou domaine proche ;

Compétences attendues :

• connaissances en statistique, classification, détection d’anomalies ou apprentissage non supervisé ;
• expérience dans l’analyse de séries temporelles d’images ;
• compétences en manipulation de données géographiques ;
• expérience d’au moins un langage de programmation scientifique, idéalement Python ;

Compétences appréciées :

• capacité à mettre en place des traitements reproductibles, documentés et automatisables ;
• intérêt pour la santé des forêts et des plantes et la surveillance sanitaire ;
• des connaissances en développement logiciel (par exemple algorithmique, versionnement avec Git et GitLab, intégration continue) ;
• une pratique d’environnements de calcul reproductibles est appréciée.

Le poste conviendra à une personne rigoureuse, autonome, intéressée par les applications opérationnelles de la télédétection et capable de travailler à l’interface entre recherche, développement méthodologique et appui à la surveillance sanitaire.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

Les candidat·es sont invité·es à transmettre à Samuel Soubeyrand et Jean-Baptiste Louvet, avant le 10 juillet :

• un CV ;
• une lettre de motivation ;
• le cas échéant, des exemples de travaux, codes, rapports, cartes ou réalisations en télédétection, SIG ou analyse de données spatiales.