Doctorant-e en génétique quantitative et amélioration des plantes sur le potentiel de l’anatomie racinaire pour la sélection des porte-greffes de vigne adaptés à la sécheresse.

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l'unité mixte de recherche « Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne » (UMR 1287 EGFV), basée à l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), près de Bordeaux. Cette unité de recherche rassemble une équipe de recherche pluridisciplinaire spécialisée en écophysiologie, physiologie végétale, biologie moléculaire et génétique. Ses recherches portent sur la compréhension du fonctionnement des vignes greffées et des déterminants de la qualité des baies de raisin dans le contexte du changement climatique, afin d’identifier des solutions d’adaptation. L'unité offre un environnement scientifique et technique exceptionnel, intégrant des chercheurs de l'INRAE, des enseignants chercheurs et des étudiants de l'Université de Bordeaux et de Bordeaux Sciences Agro.

Nous recherchons un.e doctorant.e très motivé.e pour contribuer au projet de thèse financé par INRAE, dont l’objectif principal est d’évaluer le potentiel de l’anatomie racinaire pour sélectionner des porte- greffes de vigne adaptés à la sécheresse.

Les racines jouent un rôle essentiel dans le maintien du statut hydrique des plantes et dans l’acquisition des nutriments. Par conséquent, elles ont été identifiées comme des cibles importantes pour l’amélioration génétique visant à développer des cultures mieux adaptées au changement climatique et aux systèmes de production agroécologiques. Dans le contexte du changement climatique, les viticulteurs expriment un besoin croissant de porte-greffes de vigne mieux adaptés aux conditions de sécheresse. Afin d’intégrer efficacement l’adaptation des racines à la sécheresse dans les programmes de sélection, il est indispensable d’identifier des idéotypes racinaires permettant d’optimiser l’acquisition de l’eau, de décrypter leurs bases génétiques et d’évaluer leur potentiel d’amélioration au sein des populations de sélection. L’objectif principal de cette thèse est d’évaluer le potentiel des caractères anatomiques racinaires pour leur intégration dans des programmes de sélection visant à améliorer l’acquisition de l’eau chez la vigne en conditions de sécheresse. À cette fin, nous combinerons des approaches de modélisation, phénotypage à haut débit et génomique afin de :

1 - Identifier les caractères anatomiques racinaires favorisant une meilleure capacité d’absorption de l’eau chez la vigne.

2 - Identifier les régions génomiques contrôlant l’expression des principaux caractères anatomiques racinaires.

3 - Évaluer la contribution de l’anatomie racinaire à l’adaptation à la sécheresse dans un panel de diversité de vignes sauvages (Vitis spp.).

Conditions particulières d’activité : travail au laboratoire et en serre/vignoble. Séjours scientifiques à l’étranger possibles.

Formations et compétences recherchées

• Vos responsabilités seront les suivantes :
• Travail expérimental : Des expérimentation de sécheresse en conditions contrôlées et suivi des plates au vignoble. Phénotypage de l’architecture et de l’anatomie racinaire sur des coupes transversales de racines de porte-greffes de vigne.
• Modélisation des propriétés hydrauliques (conductance radiale et axiale) des racines. Elles seront simulées en prenant en compte les caractéristiques anatomiques à partir de différents modèles : GRANAR (Heymans et al. 2021) et MECHA (Couvreur et al. 2018).
• Analyse des images issues de la microscopie, obtenues par différentes techniques pour estimer les traits anatomiques à partir de sections transversales. Des approches de machine learning pour la segmentation des images seront mises en œuvre.
• Analyse de génétique quantitative : recherche des QTL sur une famille bi-parentale et analyse de la diversité génétique sur un panel de espèces Vitis sauvages.
• Valorisation scientifique des résultats : communications dans des conférences, publications et rapports.

* Couvreur, V., Faget, M., Lobet, G., Javaux, M., Chaumont, F., & Draye, X. (2018). Going with the Flow : Multiscale Insights into the Composite Nature of Water Transport in Roots. Plant Physiology, 178(4), 1689-1703. https://doi.org/10.1104/pp.18.01006

Heymans, A., Couvreur, V., & Lobet, G. (2021). Combining cross-section images and modeling tools to create high-resolution root system hydraulic atlases in Zea mays. Plant Direct, 5(7), e00290. https://doi.org/10.1002/pld3.334

• Formation recommandée : Master/diplôme d'ingénieur en génétique quantitative et /ou amélioration des plantes et /ou biologie évolutive.
• Connaissances souhaitées: Physiologie végétale, traitement des données génomiques. Une expérience précédente en microscopie, modélisation et/ou analyse d’images sera un atout. Un gout pour l’aplication de l’Intelligence Artificielle (machine learning) au phénotypage haut-débit (notamment pour la segmentation d’images) sera un plus important. La manipulation du logiciel R est indispensable et des bases sur le langage Python sont recommandées.

Aptitudes recherchées: travail en équipe et communication des résultats 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation