Ingénieur-e en modélisation de la relation traits-environnement

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’Unité Ecosystèmes Aquatiques et Changements Globaux (UR EABX) localisée à Cestas-Gazinet et appartenant au centre INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux (https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/eabx/EABX). Les recherches menées par l’Unité ont pour objectifs de développer les connaissances, fournir des méthodes et améliorer les outils pour définir et comprendre l’état et la dynamique des écosystèmes aquatiques (estuaires, lacs, rivières) en évaluant la réponse de ces systèmes et de leurs espèces-clés (dont les juvéniles de poissons utilisant les estuaires comme zones de nourricerie) aux changements globaux (ex. changement climatique, pêche, fragmentation, pollution). 

Votre travail participe des recherches en cours visant à caractériser, comprendre et prédire l’impact des changements globaux sur les peuplements halieutiques des estuaires.

En effet, les nourriceries côtières et estuariennes sont en première ligne face aux changements globaux. Dans l’estuaire de la Gironde, les conditions hydroclimatiques ont profondément évolué au cours des quatre dernières décennies, entraînant une transformation marquée des communautés halieutiques et du réseau trophique. Pourtant, la plupart des analyses reposent sur des métriques taxonomiques qui peinent à traduire les implications fonctionnelles de ces changements.

Votre travail dans le cadre de ce contrat consistera à poursuivre les travaux entamés dans le cadre d’un stage de M2 dans lequel nous avons adopté une approche fondée sur la diversité fonctionnelle afin d’évaluer comment les pressions environnementales modifient la structure et le potentiel de fonctionnement de la communauté. À partir de près de 40 ans de suivis réalisés par INRAE, nous avons construit un espace fonctionnel multidimensionnel basé sur deux familles de traits : (i) traits d’histoire de vie, et (ii) traits écomorphologiques. Huit indices complémentaires ont été calculés (richesse, diversité, équitabilité, divergence, dispersion, redondance, spécialisation et originalité), permettant de convertir la composition spécifique et les abondances en information fonctionnelle intégrée.

Les premiers résultats révèlent un contraste saisissant : alors que le nombre total d’espèces observées annuellement augmente de manière continue, la richesse fonctionnelle suit une trajectoire significativement décroissante. Parallèlement, les indices d’équitabilité et de dispersion mettent en évidence un appauvrissement fonctionnel global et une contraction de l’espace des traits occupé par la communauté. Cela suggère une diminution potentielle de la redondance fonctionnelle et donc des capacités de résilience de la nourricerie estuarienne. Dans un contexte de réchauffement accru et de diminution attendue des débits fluviaux, cette érosion fonctionnelle pourrait constituer un signal précoce de vulnérabilité. L’approche multidimensionnelle proposée offre ainsi un cadre robuste pour détecter les altérations structurelles invisibles aux seules métriques taxonomiques et anticiper les risques à moyen terme pour le fonctionnement des écosystèmes estuariens.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• la finalisation des travaux engagés durant le stage sur la modélisation statistiques des liens entre facteurs de l’environnement et biodiversité fonctionnelle
• la structuration et du « nettoyage » du script R afférent à l’analyse
• la rédaction d’une première proposition de publication scientifique des travaux effectués

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en écologie marine

Connaissances souhaitées : Bonne connaissance de l’écologie des poissons estuariens ; connaissance des concepts de la biodiversité fonctionnelle ; maitrise des outils de modélisation statistique (GAM) ; maîtrise de R et des outils associés (Rmd, Git…)

Expérience appréciée : Maîtrise de la manipulation des données scientifiques ; connaissance des données disponibles 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement de transport domicile/travail (TER, TBM).

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation