Ingénieur-e en modélisation de la relation traits-environnement - Cas des peuplements de poissons de l’estuaire de la Gironde

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’Unité Ecosystèmes Aquatiques et Changements Globaux (UR EABX) localisée à Cestas-Gazinet et appartenant au centre INRAE Nouvelle-Aquitaine Bordeaux (https://www6.bordeaux-aquitaine.inrae.fr/eabx/EABX). Les recherches menées par l’Unité ont pour objectifs de développer les connaissances, fournir des méthodes et améliorer les outils pour définir et comprendre l’état et la dynamique des écosystèmes aquatiques (estuaires, lacs, rivières) en évaluant la réponse de ces systèmes et de leurs espèces-clés (dont les juvéniles de poissons utilisant les estuaires comme zones de nourricerie) aux changements globaux (ex. changement climatique, pêche, fragmentation, pollution). 

Votre travail participe des recherches visant à caractériser, comprendre et prédire l’impact des changements globaux sur les peuplements halieutiques des estuaires. 

En effet, les écosystèmes estuariens figurent parmi les plus exposés aux changements globaux. L’estuaire de la Gironde en constitue un cas d’étude emblématique : au cours des quatre dernières décennies, ses conditions environnementales ont profondément évolué, entraînant des modifications majeures de la biodiversité halieutique et du fonctionnement trophique. Pourtant, les liens mécanistiques entre changements environnementaux, structure de la biodiversité et fonctionnement de l’écosystème restent peu explicités.

Vous mobiliserez l’écologie fonctionnelle pour combler ce manque. Votre travail fera directement suite à un stage de M2 durant lequel, à partir de près de 40 ans de suivis halieutiques réalisés par INRAE, nous avons décrit la structure de la communauté de poissons selon deux grandes familles de traits : (i) traits d’histoire de vie (longueur, âge à maturité) et, (ii) guildes écologiques (origine, position dans la colonne d’eau, régime alimentaire). Les valeurs de traits ont été intégrées à l’échelle communautaire via les moyennes pondérées par l’abondance (community-weighted means, CWM), afin d’identifier les traits de réponse aux variations environnementales. Les relations traits–environnement ont été analysées par des approches de modélisation statistique (GAM). Nos résultats révèlent une réorganisation fonctionnelle marquée et non linéaire de la communauté. Une phase de forte marinisation s’est traduite par la dominance d’espèces pélagiques de petite taille, zooplanctonophages et à cycle de vie court. Cette phase a été suivie d’un épisode de réchauffement intense, associé à une sélection d’individus de plus grande taille, suggérant une modification des filtres environnementaux et des contraintes énergétiques. Ces transformations interrogent la structure trophique de l’écosystème dans un contexte de production secondaire contrainte. Elles pourraient, à terme, altérer le rôle de nourricerie estuarienne de la Gironde. 

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• la finalisation des travaux engagés durant le stage sur la modélisation statistiques des liens entre facteurs de l’environnement et traits fonctionnels des communautés de poissons
• la structuration et du « nettoyage » du script R afférent à l’analyse
• la rédaction d’une première proposition de publication scientifique des travaux effectués

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master 2 en écologie marine

Connaissances souhaitées : Bonne connaissance de l’écologie des poissons estuariens ; connaissance des concepts de l’écologie fonctionnelle ; maitrise des outils de modélisation statistique (GAM) ; maîtrise de R et des outils associés (Rmd, Git…)

Expérience appréciée : Maîtrise de la manipulation des données scientifiques ; connaissance des données disponibles 

Aptitudes recherchées : Autonomie et prise d’initiatives ; Travail en équipe ; Communication orale et écrite

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement transport domicile/travail (TER, TBM). 

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation