Chercheur.se postdoctoral en épidémiologie vétérinaire

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l’Unité mixte de recherche INRAE-VetAgro Sup EPIA, reconnue pour ses travaux en épidémiologie des maladies animales et zoonotiques, combinant études de terrain et modélisation dans une approche One Health. Vous travaillerez sous la supervision de Thibaut Lurier (EPIA), Aurélien Madouasse (BIOEPAR) et Julie Shapiro (ANSES, Unité EAS). Vous serez basé(e) sur le campus de VetAgro Sup, à Marcy l’Etoile, à proximité de Lyon. 

Votre mission consistera à conduire des recherches en épidémiologie vétérinaire, sur le thème de la surveillance syndromique. En particulier, vous évaluerez le potentiel de données collectées pour l’élevage de précision (comportements prédits à partir d’accéléromètres placés dans des colliers) et de données de production/reproduction pour la détection précoce d’émergences sanitaires chez les bovins laitier. Ce travail s’inscrit dans le projet HODAS (Leveraging host population data for enhancing surveillance), financé par le PEPR PREZODE. Le poste combinera de la simulation mécaniste de la propagation et des impacts de maladies émergentes et de la modélisation statistique pour la détection précoce d’émergences à partir des données disponibles, par nature hétérogène.  Le travail sera effectué en lien étroit avec les partenaires du projet : UMR BIOEPAR (Oniris VetAgroBio, Inrae) et l’Unité EAS (ANSES) UMR EPIA.

Vous vous appuierez sur les travaux préalables portant sur les indicateurs de comportement et de production/reproduction.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

1. définition et évaluation des indicateurs de santé construits à partir des données de capteurs et de production/reproduction : définir des valeurs de référence (baselines) et caractériser les déviations (anomalies) liées à des événements sanitaires (ex : BVD, infections respiratoires, ou foyers de FCO 3-8 de l'été 2025) à partir des données fournies par les partenaires du projet ;
2. simulation de la propagation et de l’impact de maladies infectieuses émergentes : Développer et mettre en œuvre un modèle mécaniste simulant d’une part la transmission de pathogènes au sein et entre élevages, et d’autre part l’impact de ces infections sur les indicateurs d ‘intérêt. Ceci permettra d'évaluer la sensibilité, la spécificité et la précocité des méthodes de détection d'anomalies face à différents scénarios épidémiologiques ;
3. intégration des réseaux d'échanges d'animaux : en collaboration avec les partenaires du projet HODAS en charge de l’analyse de ces données, intégrer les processus de transmission entre élevages liés aux mouvements d’animaux aux modèles développés, afin d'identifier les facteurs clés de réussite d'un dispositif de surveillance (maillage des élevages équipés, caractéristiques des épizooties).

Le contrat est prévu pour une durée de 24 mois dans un premier temps, mais pourra être prolongé d’une durée de 9 mois pour prolonger les travaux réalisés dans le cadre du projet HODAS et pour réaliser des travaux similaires sur l’épizootie de dermatose nodulaire contagieuse ayant eu lieu en 2025 en France.

Conditions particulières d’activité :

Ces activités nécessiteront une collaboration étroite avec les partenaires du projet HODAS en France (notamment l'unité BIOEPAR à Nantes et l'unité EAS à Lyon) et pourront inclure des déplacements ponctuels pour des réunions de coordination au sein du consortium HODAS.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : doctorat dans les domaines de l’épidémiologie quantitative ou de l’écologie

Connaissances souhaitées : connaissances en modélisation statistique et maîtrise du langage R

Expérience appréciée : expérience pertinente dans l’analyse de séries temporelles ou de l’utilisation de modèles mécanistes

Aptitudes recherchées : capacité à travailler en équipe et à collaborer avec des chercheurs issus de disciplines variées, incluant les sciences biologiques et sociales ; aptitude à produire et soumettre des publications dans des revues scientifiques ; très bonne maîtrise de l’anglais, à l’oral comme à l’écrit

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein) ;
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation