Thèse en physiologie et infectiologie chez le bovin et le porc

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

 Vous serez accueilli-e au sein des unités mixtes de recherche IHAP, Toulouse (équipe IALTA) et SBRI, Lyon (équipe Physiology and biotechnology of Embryonic stem cells, https://sbri.fr/). Cette thèse s’inscrit dans le cadre du projet CATTLE-AIV obtenu avec l’Appel d’offre européen EUPAWH portant sur la compréhension de la transmission et du tropisme du virus de la grippe aviaire chez le bovin et le porc.

Les virus Influenza A (IAV), principalement présents chez les oiseaux sauvages, ont évolué pour infecter divers mammifères comme le porc, le bovin et l’Humain. Leur capacité à se transmettre entre espèces et leur large spectre d’hôtes en font une menace croissante pour la biodiversité, la santé publique et l’économie. Depuis 2021, les virus Influenza H5 hautement pathogènes (HPAIV) de la clade 2.3.4.4b se sont propagés à l’échelle mondiale, touchant massivement les volailles et infectant de plus en plus d'espèces de mammifères, avec des cas humains rares mais graves. Des foyers récents chez des vaches laitières et des porcs indiquent une évolution préoccupante du virus, notamment son tropisme pour la glande mammaire bovine avec une excrétion intense et une transmission possible via le lait. L’objectif de ce projet de thèse est d’étudier le rôle de la glande mammaire comme site privilégié de réplication de différents variants de virus HPAIV et les propriétés de ces différents variants à se répliquer dans cet organe chez le bovin et le porc. A l’aide de modèles in vitro d’organoïdes mammaires, le ou la doctorant.e cherchera à déterminer si la diversité génétique des virus influence leur capacité à infecter et à se multiplier dans la glande mammaire en fonction de son état physiologique (lactation ou non-lactation). Pendant la thèse, le ou la doctorant.e développera des modèles d’organoïdes mammaires bovins et porcins issus de cellules souches pluripotentes (dans l’unité SBRI, Lyon) ou de tissu mammaire (dans l’unité IHAP, Toulouse), pour étudier leur sensibilité aux HPAIV et leur capacité de réplication. Il/elle caractérisera ces modèles pour déterminer leur proximité avec le tissu d'origine en termes de composition et de variabilité cellulaires, via l’expression de marqueurs de différenciation et d'expression de gènes spécifiques, notamment épithéliaux et immunitaires. Enfin, il/elle analysera les réponses cellulaires et moléculaires de ces modèles lors de challenges infectieux avec les virus HPAIV en tenant compte du statut physiologique de la glande mammaire (en développement, en lactation ou involuée). Ainsi, l’étudiant.e évaluera la pertinence de ces nouveaux modèles d’organoïdes mammaires et l’impact du statut physiologique sur l’interaction hôte-pathogène et la réponse anti-infectieuse.

Ce projet permettra d’acquérir des connaissances sur les dynamiques hôte–pathogène pour développer des stratégies (de type vaccinales) visant à limiter la propagation virale, tout en favorisant une agriculture durable dans le cadre de la transition agroécologique, chez les animaux de rente cibles (bovins et porcins). 

Vous serez en charge de :

• Générer des organoïdes mammaires bovins et porcins dérivés de tissu (cellules souches adultes) et de cellules souches pluripotentes (PSCs) puis de les caractériser selon leur type cellulaire (microscopie et cytométrie en flux) et activité moléculaire (transcriptomique).
• Evaluer la sensibilité des cellules épithéliales mammaires à l’infection par le virus H5 HPAI par titration de la charge virale dans les cellules mais également de la survie des cellules infectées et de leurs identifications.
• Caractériser les réponses cellulaires et moléculaires lors de l’infection au virus H5 HPAI par des dosages multiplex des cytokines bovines et porcines ou des analyses d’expression génique de gènes cibles de l’immunité.

 

Cette thèse sera menée sur les deux sites différents du SBRI (Lyon) puis de l’IHAP (Toulouse) avec des échanges réguliers entre les laboratoires. Une partie expérimentale sera réalisée en laboratoire confiné de niveau BSL-3. Dans le cadre du projet Européen, des missions à l’étranger sont également prévues. Horaires décalés nécessaires. 

Formations et compétences recherchées

LE PROFIL QUE NOUS RECHERCHONS

Formation recommandée : Diplôme d’ingénieur en agriculture ou agronomie, Master en physiologie animale, biologie cellulaire, infectiologie.

Connaissances souhaitées : Biologie cellulaire, Infectiologie, Physiologie animale

Expérience appréciée : Expérience en laboratoire, culture cellulaire, manipulation de pathogènes (virus ou bactérie), analyse de grand jeu de données 

Aptitudes recherchées : curiosité scientifique, esprit innovant, autonomie expérimentale, capacité à travailler en équipe. Une mobilité géographique est requise, la thèse se déroulant sur deux sites distincts (Lyon et Toulouse).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation