Doctorant-e en microbiologie et interactions microbiote-hôte

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli au sein de l’Équipe des Interactions Microorganismes Commensaux et Probiotiques-Hôtes (acronyme: ProbiHôte), Institut Micalis, INRAE (Jouy-en-Josas, 78350, France). Le candidat ou la candidate retenu participera à un projet financé par l’ANR, plus particulièrement au projet Cross-Tivity qui s'intéresse au rôle crucial du microbiote pendant la période périnatale, particulièrement en ce qui concerne les bébés nés par césarienne et qui est basé sur nos études précédents : doi: 10.1186/s40168-023-01584-0 et doi: 10.1080/19490976.2026.2658276. 

Il est reconnu que les interactions précoces entre le microbiome et l'hôte ont une influence majeure sur le développement de l'holobionte et sur la santé à court et à long terme, notamment en assurant l’homéostasie métabolique et la maturation du système immunitaire de l’hôte. De plus, une altération de la primocolonisation (i.e. vagues successives des premiers microorganismes colonisant la muqueuse intestinale) a été constatée chez les bébés atteints de coliques du nourrisson, un trouble gastro-intestinal fonctionnel courant, lié à une hyperalgésie viscérale chez les bébés. Le principe de crossfeeding (coopération trophique), correspondant à l’interdépendance des microorganismes entre eux pour l’apport de nutriment, est un facteur majeur de la primocolonisation. Dans le projet Cross-Tivity, nous émettons l'hypothèse que les altérations de l'alimentation croisée en début de vie entraînent des perturbations métaboliques et immunitaires chez l’hôte, conduisant à une sensibilité accrue à la douleur viscérale par des voies dépendantes du microbiote. En combinant des approches in vitro et in vivo, nous prévoyons de déchiffrer comment une primocolonisation altérée provoque des dysfonctionnements de la maturation de la barrière intestinale et du système neuro-immunitaire, ainsi que des réponses altérées du métabolisme énergétique et au stress cellulaire impactant la sensibilité à la douleur viscérale. Ce projet constitue donc une nouvelle stratégie pour étudier l'holobionte humain en début de vie comme une étape cruciale vers la réduction de l'impact sur la santé des altérations précoces du microbiote.

L’Institut Micalis est une unité mixte de recherche associant l’INRAE, AgroParisTech et l’Université Paris-Saclay. Sa mission est de développer une recherche innovante dans le domaine de la microbiologie de l’alimentation au service de la santé. L’Institut Micalis regroupe plus de 340 personnes, dont 130 chercheurs, ingénieurs et enseignants-chercheurs, 70 assistants scientifiques ou administratifs, ainsi que 140 doctorants, post-doctorants et autres étudiants, organisés en 21 équipes de recherche et 3 axes thématiques. L’Institut Micalis héberge également 2 plateformes technologiques, un centre de ressources biologiques sur les levures et une animalerie axénique (gnotobiotique).

Le laboratoire ProbiHôte est composé d’environ 50 personnes. 
Les objectifs principaux de l’équipe sont :

• Étudier les écosystèmes intestinal, vaginal, pulmonaire et cutané afin d’identifier leurs effets bénéfiques sur l’hôte et les mécanismes d’action associés
• Explorer les réponses immunitaires et physiologiques aux commensaux et probiotiques dans différents contextes nutritionnels
• Étudier l’interaction entre l’hôte et le microbiote intestinal à travers l’alimentation et la supplémentation en prébiotiques et/ou symbiotiques
• Intégrer nos travaux à la physiologie (naissance et vieillissement) et à la physio-pathologie humaine (inflammation, cancer et obésité), dans une perspective de recherche translationnelle visant notamment à proposer des stratégies de prévention et de thérapie.

Vous serez plus particulièrement en charge de :
• Conduire des expérimentations sur souris conventionnelles et axéniques.
• Mettre en oeuvre des cocultures de cellules eucaryotes avec des bactéries.
• Réaliser des dosages de cytokines par ELISA ou multiplex.
• Analyser des marqueurs cellulaires par cytométrie en flux.
• Assurer la gestion des réactifs, la traçabilité et la qualité des manipulations.
• Organiser, analyser et présenter les données obtenues.
• Rédiger les articles ressortant des résultats et avancées du projet.

L’unité Micalis est une Zone à Régime Restrictif ; le recrutement est donc soumis à une validation du ministère. Travail dans des installations L1 et L2, expérimentation avec souris.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : M2 ou diplôme équivalent avec des expertises en biologie cellulaire, microbiologie ou physiologie.

Vous souhaitez vous investir dans un projet ambitieux sur les interactions microbiote-hôte. Très motivé/e par la science, vous faites preuve
d’autonomie, de curiosité et d’un réel sens de l’initiative. Vous avez de bonnes connaissances relatives à l’expérimentation animale, la biologie cellulaire (culture de cellules eucaryotes) et/ou la biologie moléculaire et la biochimie (ELISA / cytométrie). Une formation en microbiologie constituera un atout supplémentaire.

Connaissances souhaitées :
• Expérimentation animale (formation prévue pendant la première année de thèse si diplôme pas encore acquis)
• Biologie cellulaire (culture cellules eucaryotes et suivi de marqueurs par cytométrie en flux)
• Biochimie (dosage & analyse de cytokines par cyrtométrie ou ELISA)
• Manipulation en niveau de sécurité L2


Aptitudes recherchées :
• Fiabilité
• Minutie technique et rigueur
• Sens du travail en équipe
• Capacité organisationnelle (organisation de son travail quotidien)
• Autonomie
• Capacité à produire des résultats et à fournir un retour oral et écrit sur ceux-ci
• Enthousiasme et bonne écoute

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation