Ingénieur-e sur l’implémentation d’indicateurs génétiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

- Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR Biogeco, Biodiversité des gènes aux communautés, une unité mixte de recherche sous tutelle d’INRAE et de l’Université de Bordeaux, sur le site “Domaine de l’Hermitage” au 69 route d’Arcachon à Cestas, France. Biogeco compte environ 130 membres du personnel, dont 75 permanents, ainsi que de nombreux étudiants, postdocs, collaborateurs et visiteurs. Ses recherches portent principalement sur la biodiversité, son fonctionnement, l'évolution, l'adaptation, la conservation et la restauration des écosystèmes, principalement les forêts, mais aussi d'autres écosystèmes naturels et anthropisés. Vous pouvez découvrir une présentation de l'unité dans une courte vidéo.

FR https://www.youtube.com/watch?v=HAyN9MM32dI

EN https://www.youtube.com/watch?v=q5TC9HuHvtI 

- Votre contrat est financé par le projet collaboratif Recherche-Action FR-IDGE - Cadre mondial de biodiversité et conservation de la diversité génétique en France: Indicateurs génétiques en Hexagone et dans les Outre-mer - entre l’Office Français de la Biodiversité (OFB) et INRAE. 

L’objectif principal de FR-IDGE est de faciliter la mise en œuvre en France du Cadre mondial pour la biodiversité (CMB) de la Convention sur la diversité biologique (CDB) par le calcul d’indicateurs génétiques. Ces indicateurs adoptés au sein du CMB pour mesurer l’avancement en matière de conservation de la diversité génétique (Objectif A, Cible 4) doivent être mis en œuvre au sein des pays signataires de la convention sur un ensemble représentatif d’espèces (Hoban et al., 2020, 2021, 2024). FR-IDGE prévoit d’appliquer les méthodes du cadre de surveillance du CMB (Mastretta-Yanes et al. 20204a) pour calculer ces indicateurs génétiques sur au moins 200 espèces d’ici 2029 en vue de la préparation du huitième rapport national à la CDB (attendu pour juin 2029), élargissant ainsi le travail mis en place par l’équipe d’accueil et d’autres collègues lors d’une étude-preuve de concept incluant la France Mastretta-Yanes et al. 2024b). Les travaux du projet Biodiversa+ GINAMO en collaboration avec l’OFB-MNHN ont déjà permis, lors d’ateliers pour les gestionnaires et décideurs en France (voir le rapport de l’atelier du 7 Fév. 2025 à Paris), de dresser un aperçu concernant la surveillance génétique en France métropolitaine et dans les territoires d’Outre-mer, d’identifier les défis pour l’implémentation en pratique des indicateurs, et la meilleure façon d’aborder ces défis. 

Vous serez accueilli(e) par Myriam Heuertz, Pauline Garnier-Géré et leurs collègues à Biogeco INRAE et travaillerez en étroite collaboration avec l’Unité d’Appui à la Recherche Patrinat (Claire Regnier, OFB-MNHM), ainsi qu’avec le Pôle National des Données de Biodiversité (Yvan Le Bras, MNHN) et GBIF France (Anne-Sophie Archambeau, IRD). Vous communiquerez avec des parties prenantes (gestionnaires de la biodiversité, décideurs) en France pour les tâches spécifiques suivantes :

1. Co-construire, en étroite collaboration avec les parties prenantes concernées, une méthodologie de calcul des indicateurs génétiques adaptée aux territoires français d'outre-mer, en utilisant la Guyane française comme région pilote.

2. Mettre en œuvre, évaluer et contribuer à l'amélioration de workflows standardisés et reproductibles pour le calcul des indicateurs génétiques, en s'appuyant sur les recommandations de bonnes pratiques de Mastretta-Yanes et al. (2024a) et du consortium GINAMO.

3. Construire et animer un réseau de parties prenantes autour des indicateurs génétiques, promouvoir leur utilisation comme outils d'aide à la décision, et organiser des ateliers de formation pour favoriser l'appropriation des workflows disponibles.

4. Piloter la consolidation des listes d'espèces et la collecte des données pertinentes — génétiques et/ou proxies non basés sur l'ADN — pour le calcul des indicateurs génétiques, avec un accent particulier sur les territoires français d'outre-mer.

5. S'engager auprès de la communauté internationale de génétique de la conservation pour promouvoir le projet et renforcer le rôle de la France comme pôle de référence en matière d'expertise et de diffusion des indicateurs génétiques.

6. Contribuer à la gestion des données du projet, en assurant leur bonne organisation, leur curation et leur accessibilité.

7. Contribuer à la rédaction des rapports, à la publication et à la diffusion des résultats du projet auprès des communautés scientifiques et des acteurs des politiques publiques.

Vous serez amené(e) à voyager occasionnellement, pour les réunions du projet et à l’international, et pour faciliter la coopération avec l’OFB, le Pôle National des Données de Biodiversité et le GBIF.

Formations et compétences recherchées

-Formation recommandée : Doctorat en génétique évolutive ou en génétique de la conservation, ou équivalent.

- Connaissances souhaitées : 

• Solide formation en génétique des populations et/ou en génétique de la conservation
• Maîtrise des outils bioinformatiques pour l'analyse génétique/génomique des populations
• Bonne maîtrise d'au moins un langage de script (R et/ou Python)
• Connaissance des cadres de surveillance de la biodiversité et des politiques internationales de conservation (ex. CDB, Cadre mondial de Kunming-Montréal)
• Bonne compréhension des métriques de diversité génétique et de leur pertinence écologique
• Connaissance des territoires français d'outre-mer et intérêt pour leur biodiversité
• Aptitudes démontrées en rédaction scientifique et expérience en publication
• Bonne maîtrise du français et de l'anglais (niveau B2 minimum)

- Expérience appréciée : 

• Expérience en analyse de données de génétique/génomique des populations 
• Expérience en génétique de la conservation et/ou en estimation d'indicateurs génétiques 
• Expérience en engagement avec des parties prenantes 
• Connaissance de l'environnement ligne de commande Linux 
• Connaissance de l'application des principes FAIR

- Aptitudes recherchées : Capacité à communiquer clairement avec les gestionnaires de la biodiversité et les partenaires scientifiques internationaux ; sens du travail en équipe et bonnes aptitudes relationnelles ; excellentes capacités de présentation ; aptitude à travailler de manière autonome et à prendre des initiatives ; sens de l'organisation et capacité à gérer simultanément des tâches variées ; adaptabilité dans un environnement de recherche dynamique et collaboratif.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation