Doctorat sur la dynamique de l’organisation tridimensionnelle du génome bovin au cours de la différenciation cellulaire

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GenPhySE (https://genphyse.inrae.fr/) au centre INRAE Occitanie-Toulouse et plus spécifiquement dans l’équipe GENOME3D qui étudie l’organisation tridimensionnelle des génomes animaux.

Ce projet de thèse cherche à mieux comprendre l’organisation tridimensionnelle des génomes animaux, et plus particulièrement la dynamique et la formation des compartiments nucléaires.

L’ADN, porteur de l’information génétique, est organisé dans le noyau de la cellule en trois dimensions. Le génome est ainsi replié en deux compartiments nucléaires principaux qui sont couplés à l’expression des gènes et donc potentiellement impliqués dans l’établissement des phénotypes. Cependant la relation de causalité entre les compartiments nucléaires et l’expression des gènes n’est pas déterminée et les mécanismes moléculaires qui forment et maintiennent les compartiments nucléaires ne sont toujours pas élucidés.

Pour le premier objectif de ce Doctorat, nous émettons l’hypothèse que des différences de compartimentation nucléaire entre individus au cours du développement jouent un rôle sur l’établissement des phénotypes. La variabilité de l’organisation tridimensionnelle de la chromatine de cellules souches embryonnaires bovines sauvages et porteuses de mutations associées à un phénotype particulier, le phénotype sans-corne, sera étudiée au cours de la différenciation cellulaire.

Le deuxième objectif cherche à comprendre plus finement les mécanismes moléculaires de la formation des compartiments nucléaires. Pour cela, un compartiment nucléaire sera artificiellement créé en recrutant une marque d’histone dans une région génomique. Le maintien du compartiment nucléaire sera étudié au cours des cycles cellulaires et de la différenciation.

Dans l’ensemble, ces travaux permettront d’approfondir la compréhension des mécanismes moléculaires de formation et de maintien des compartiments nucléaires, mais aussi de mieux appréhender le rôle de la compartimentation nucléaire dans la construction des phénotypes.

Vous serez plus particulièrement en charge :

• Des expériences de culture cellulaire permettant la différenciation des cellules souches embryonnaires bovines.
• Des expériences de biologie moléculaire permettant l’étude de la chromatine des cellules souches différentiées (Hi-C, ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq).
• Des expériences de clonage moléculaire et de culture cellulaire permettant la création d’un compartiment nucléaire.
• De l’analyse bioinformatique des résultats des différentes expériences que vous aurez réalisées.

Cette thèse est financée par l’ANR JCJC DYNAMENT obtenue par Anne-Laure Valton (https://anr.fr/Projet-ANR-25-CE20-3837)

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Biologie Moléculaire, Génomique, Génétique, Biologie Cellulaire

Connaissances souhaitées : Bases solides en biologie moléculaire et génomique

Expérience appréciée : Différenciation cellulaire, culture cellulaire, analyse bioinformatique de données génomiques

Aptitudes recherchées : si pas d’expérience en bioinformatique : une volonté d’apprendre à réaliser l’analyse bioinformatique des résultats obtenus dans le projet, bonnes capacités de rédaction et de présentation des résultats scientifiques, bonne capacité organisationnelle.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation