Contrat doctoral : Exploiter les atouts de 4 espèces de mammifères pour rechercher des anomalies génétiques de façon ciblée et pangénomique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) dans l’équipe GENESIS (Mécanismes génétiques et épigénétiques de la genèse des phénotypes) au sein de l’unité GenPhySE (Génétique Physiologie et Systèmes d’Elevage ; https://genphyse.inrae.fr/). L’équipe GENESIS s’intéresse aux déterminismes moléculaires de la variabilité phénotypique d’espèces d’élevage, monogastriques et petits ruminants, et à leur transmission entre générations pour des caractères d’intérêt agronomique notamment en lien avec la santé, le bien-être et l’adaptation aux conditions environnementales. Nos travaux tirent parti des outils innovants de la génomique, de la génétique translationnelle, et de la biologie moléculaire et cellulaire.

Ce projet de thèse est adossé à un projet financé par le Carnot France Futur Elevage ( https://www.francefuturelevage.com/fiches/synobs) et l’encadrement de la thèse sera assurée par Gwenola TOSSER-KLOPP (DR INRAE, HDR), Stéphane FABRE (DR INRAE, HDR) et Sébastien TAUSSAT (Ingénieur IFIP).

Vous serez plus particulièrement en charge de :

- Une étude multi-espèces de la cryptorchidie.

La cryptorchidie, qui touche de nombreuses espèces mammifères, a une origine génétique (OMIA:000243) et a été décrite chez chacune des espèces ciblées par ce projet : bovins, ovins, caprins et porcins. Des résultats préliminaires suggèrent un déterminisme génétique monogénique chez les ovins et polygénique chez les porcs. 

Nous souhaitons compléter et renforcer ces études avec 2 tâches :

Tâche 1 : Élargissement de la collecte d'échantillons et du phénotypage

Ce travail permettra d’augmenter la puissance du dispositif et la précision du phénotypage, notamment chez les porcs où il y a pu avoir confusion avec l’intersexualité.

Tâche 2 : Génomique comparative et validation fonctionnelle

Le doctorant effectuera une analyse génomique comparative sur les quatre espèces. Cela permettra de déterminer si les régions significatives identifiées dans les études génétiques de type GWAS (genome wide association study) indépendantes sont i) orthologues ii) si les régions orthologues contiennent des gènes appartenant à des voies de signalisation ou à des réseaux génétiques communs. Du séquençage ciblé sera ensuite effectué.

- Une stratégie de génétique inverse sans a priori.

Dans cet axe de travail, nous mettrons en œuvre deux stratégies de génétique inverse en parallèle, en utilisant d'une part les données de génotypage SNP disponibles auprès des opérateurs de sélection, et d'autre part les données de variants (SNP, insertions/délétions) issues du séquençage du génome entier (WGS) accessibles au public ou produites dans le cadre de projets antérieurs sur les bovins, les petits ruminants et les porcs, les deux méthodes permettant de détecter les variants génétiques délétères. 

Tâche 1 : Identification des haplotypes délétères à l'aide du génotypage SNP. 

Ce type d'approche a été utilisée avec succès chez les bovins laitiers (Fritz et al., 2013), puis sur les brebis laitières (Ben Braiek et al., 2021). Elle sera étendue aux races régionales de bovins allaitants, d’ovins allaitants, de chèvres ou de porcs. 

Tâche 2 : Détection des variants délétères par séquençage comparatif du génome entier.

Dans cette deuxième tâche, nous utiliserons le processus décrit dans (Daetwyler et al., 2014), avec des données WGS. Ces données seront analysées conjointement afin d'extraire les variants délétères annotés affectant les mêmes gènes chez au moins deux des quatre espèces étudiées dans le cadre de ce projet. 

 

Prévoir quelques déplacements et courts séjours entre les 2 centres INRAE de Jouy-en-Josas et de Toulouse et vers Rennes (IFIP).

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Master ou équivalent (Bac +5) en génétique, génomique et/ou bio-informatique 

Connaissances souhaitées : génétique et génomique chez les eucaryotes

Expérience appréciée : analyses bio-informatiques des séquences génomiques haut débit et de génotypages

Aptitudes recherchées : Avoir un intérêt particulier pour la génétique et la génomique animale, avoir une expérience en programmation (en langage python et R) et des connaissances pratiques avec des clusters de calcul, aptitude à la rédaction d'articles scientifiques et la communication orale. Bonne maitrise de l'anglais requise.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation