Doctorant-e en génétique statistique : Modéliser la contribution génétique à l'émergence de la résilience au niveau du groupe, regards croisés animaux-végétaux

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR GenPhySE et de l’UMR GQE Le Moulon. L’activité scientifique de l’UMR GenPhySE, localisée près à Toulouse, s’inscrit dans l'objectif de caractériser et comprendre les mécanismes complexes qui sous-tendent la capacité des animaux à s’adapter à des environnements changeants. L’UMR GQE Le Moulon, proche de Paris s’intéresse quant à elle à produire des connaissances sur la génétique et l’évolution des caractères quantitatifs principalement dans les populations de plantes cultivées.

Améliorer la résilience est un des enjeux majeurs de l’agriculture dans un contexte de changement climatique et de transition agroécologique. Cette dernière peut être considérée à différentes échelles : l’individu (l’animal, la plante), le groupe (troupeau, parcelle) ou le système (l’exploitation). La diversité phénotypique (espèces différentes) a été rapportée comme un élément clef pour accroitre la résilience des systèmes mais elle impose des contraintes peu acceptées par les agriculteurs et les éleveurs. De ce fait, la diversité génétique -intra-troupeau mono racial ou intra parcelle de mélange variétaux- a été proposée comme une alternative plus facile à mettre en œuvre. Néanmoins, les fondements génétiques de cette diversification ont rarement été traités. L’objectif de cette thèse est de proposer de nouvelles modélisations permettant d’évaluer le lien entre diversité génétique et résilience du groupe et de proposer des méthodes de valorisation de la diversité génétique pour assurer la résilience des performances au niveau du groupe. 

La résilience d’un groupe peut être une propriété émergente résultant par exemple de la diversité phénotypique, des interactions entre individus ou de la réponse collective aux perturbations environnementales. L’approche la plus classique en génétique pour modéliser des phénotypes d’individus en groupe est le modèle génétique à effets sociaux dans lequel les génotypes des congénères influencent le phénotype de l’individu focal. Ce modèle ne considère cependant pas la proximité génétique entre individus dans la modélisation et repose sur l’hypothèse d’une relation linéaire entre phénotype observé sur l’individu focal et phénotypes des congénères. Ainsi, ce modèle ne permet pas d’établir s’il existe un lien entre diversité génétique au sein du groupe et résilience ni d’évaluer si la non linéarité est le facteur d’émergence. Il est donc nécessaire de développer de nouvelles modélisations qui dépassent ces limites pour étudier les propriétés d’émergence de la résilience au niveau du groupe, notamment génétiques, et proposer de nouvelles stratégies d’évaluation et gestion génétique de groupe.

Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Explorer et proposer différents modèles expliquant ou non le lien entre diversité et résilience du groupe et/ou entre relation non-linéaire entre phénotypes et résilience du groupe.
• Evaluer (par simulation) pour chacun des modèles proposés, le type et le volume de données nécessaires pour assurer l’identifiabilité pratique de leurs paramètres.
• Tester, avec les modèles proposés, les différentes hypothèses expliquant l’émergence de la résilience d’une parcelle sur un jeu de données de mélange variétaux 
• Sur la base des résultats obtenus, fournir des recommandations de constitution de groupe et/ou de gestion de schéma assurant la meilleure résilience de groupe.

 Le doctorant pourra effectuer l’intégralité de sa thèse dans l’une des 2 UMR (GenPhySE, GQE-Le Moulon) ou changer de site au cours de la thèse. 

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Génétique, Ecologie et évolution ou Mathématiques appliquée

Connaissances souhaitées : bases très solides en statistiques 

Expérience appréciée : programmation (python, fortran, R par exemple)

Aptitudes recherchées : bonnes capacités rédactionnelles et aisance à l’oral en français et en anglais

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation