Chargé.e de recherche : analyse et valorisation des données de relevé de bois mort en forêt

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Environnement de travail

Vous serez basé.e au centre INRAE à Nogent-sur-Vernisson dans l’Unité de Recherche Ecosystèmes Forestiers (UR EFNO), composée d'une quarantaine de chercheurs, ingénieurs et techniciens. Les activités de recherche et d'expertise au sein de l’axe Biodiversité y portent notamment sur les pressions qui pèsent sur la biodiversité forestière, afin de proposer des méthodes de suivi et des recommandations de gestion et d'aménagement forestiers durables.

Contexte

Vous viendrez contribuer au sein de cet axe Biodiversité aux travaux de l’unité relatifs aux méthodes et protocoles pour mesurer la biodiversité forestière (1) et les variables indicatrices indirectes de celle-ci (2). Votre analyse portera sur des métriques caractérisant le bois mort, dont le volume est considéré comme un indicateur indirect de biodiversité (3), et ses protocoles de mesure. Une cinquantaine d’opérateurs ont effectué en 2021 des relevés de bois mort répétés en appliquant un protocole standardisé dans 5 grappes de 6 placettes forestières de parcelles résineuses ou feuillues du Domaine des Barres, à la manière de ce qui avait été déjà effectué sur d’autres mesures dendrométriques. Ces données n’ont pas encore été analysées, faute de disponibilité des personnels permanents de l’UR et de projet sur un sujet proche.

Objectifs

Nous recherchons un.e chargé.e de recherche pour :

(i) Objectif principal : analyser et publier ces données, notamment sous l’angle de la variabilité entre observateurs de relevés de bois mort à différentes échelles. Ce travail comprendra le recueil de la bibliographie sur le sujet, la curation des données sous forme d’une seconde saisie collective, la préparation du jeu de données pour l’analyse, la définition, l’écriture et l’estimation du modèle statistique afin d’estimer la variabilité de la mesure de bois mort à différentes échelles, notamment entre observateurs, l’interprétation des résultats y compris au regard de l’état de l’art. Cet objectif s’achèvera par la publication d’au moins un article scientifique valorisant ces résultats. A priori, nous pensons utiliser des modèles Bayésiens qui seraient des extensions de ceux de Gosselin & Larrieu (2020) (4), donc des modèles à variable latente. Un des enjeux sera de modéliser la variabilité de différentes métriques de bois mort (volume total, volume par type, diversité totale…). Une piste serait de modéliser ces différentes métriques dans le même modèle statistique, comme résultantes de variables latentes correspondant par exemple à des nombres et volume moyen de pièces de bois par catégorie. Les variations systématiques entre observateurs seront appréhendées sous forme d’effets aléatoires qui pourront être structurés par différentes caractéristiques de leurs relevés comme des axes de qualité des observateurs. Ce travail sera utilisé dans la dernière partie de la thèse d’Arthur Rossignol, qui vise à prendre en compte l’incertitude sur les mesures de bois mort dans l’estimation de la relation entre mesure de bois mort et biodiversité saproxylique. Si des modèles Bayésiens sont utilisés, le.la chargé.e de recherche profitera de l’expérience de l’équipe sur ces techniques (package runMCMCbtadjust (5) couplé notamment avec nimble). D’autres approches sont néanmoins possibles (TMB par exemple).

(ii) Objectif secondaire méthodologique : d’autres valorisations pourront aussi être possibles, notamment dans le cadre de développements méthodologiques qui seraient requis pour ces modèles ou autour de techniques de statistique appliquée (notamment Bayésiennes).

Le.la chargé.e de recherche sera supervisé par Frédéric Gosselin, Christophe Bouget et Arthur Rossignol.

1. ^

    https://doi.org/10.1111/j.1654-1103.2006.tb02449.x, https://doi.org/10.1007/s11258-006-9155-y, https://doi.org/10.1111/j.1461-9563.2008.00400.x, https://doi.org/10.5852/naturae2021a18

2. ^

    https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2014.08.023, https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.105884

3. ^

    https://doi.org/10.4267/2042/50659, https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2011.02.004, https://doi.org/10.4000/vertigo.17608  

4. ^

    https://doi.org/10.1016/j.ecolind.2019.105884

5. ^

    https://cran.r-project.org/web/packages/runMCMCbtadjust/index.html

Travail sur poste de travail informatique avec accès à des serveurs de calcul distants. Peu de déplacements et peu de terrain – essentiellement le terrain pour rendre plus concrètes les données analysées.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : doctorat avec une forte composante de modélisation statistique paramétrique appliquée, avec un bon niveau de publication académique. Une formation mathématique serait un plus.

Connaissances souhaitées : statistiques appliquées ; connaissances en écologie ou en science forestière bienvenues ; très bon niveau d’anglais à l’écrit ;

Expérience appréciée : rédaction scientifique ; statistique avec R ; modèles paramétriques avec variables latentes ;

Aptitudes recherchées : bonnes capacités rédactionnelles ; organisation de projet ; motivation pour les statistiques appliquées et la publication scientifique.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation