Chercheur·se contractuel·le en analyses de données

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Environnement de travail

Les UMR GABI et GenPhySE sont deux laboratoires de référence internationale en génétique animale, implantés respectivement sur les centres INRAE de Jouy-en-Josas et Castanet-Tolosan. Le CDD pourra être réalisé sur l’un ou l’autre site, avec un travail étroitement coordonné grâce à des visioconférences régulières et des interactions continues avec l’unité partenaire.

Le projet repose sur un réseau structuré de collaborations nationales (UMR GenPhySE, UMT eBIS, UMT STAR) et internationales (EuroGenomics, ISGC, IGGC, VarGoats, consortium 1000 génomes bovins, etc.), offrant un environnement scientifique particulièrement riche et dynamique.

Contexte du projet

L’accumulation récente de données de génotypage, de phénotypage et de séquençage chez les bovins, ovins et caprins ouvre des perspectives inédites pour étudier la fonction des gènes chez les mammifères. À l’heure où l’usage des animaux de laboratoire est remis en question, les mutations naturelles présentes dans les populations d’élevage représentent une ressource unique pour mener des approches de génétique inverse à grande échelle.

Le projet Alternative Moo-dels vise à démontrer la pertinence des ruminants domestiques comme modèles alternatifs aux espèces classiques (souris, rat) pour l’étude fonctionnelle des gènes peu ou mal connus chez les mammifères.

Missions

En interaction avec des membres de GABI et GenPhySE et de nombreux partenaires nationaux, le/la chercheur·se recruté·e contribuera à la création d’une base de données consultable en ligne intégrant l’ensemble des résultats du projet (inventaire des variants délétères présents dans les génomes de plus de 8000 bovins, ovins et caprins, annotations fonctionnelles, scores et métriques divers, effets sur une 40 aine de caractères, métadonnées, …). Par ailleurs, il/elle illustrera le potentiel de cette base de données avec plusieurs exemples de cas d’usage.

Aucune contrainte particulière

Formations et compétences recherchées

Formation et compétences

• Doctorat en génétique animale, génomique, bioinformatique ou discipline proche.
• Solides compétences en analyses de variants, manipulation de données génomiques (VCF, annotations, pipelines type SnpEff).
• Bonne maîtrise de R, Python ou équivalents pour l’analyse de données à grande échelle.
• Connaissance des bases de données génétiques (Ensembl, OMIM, OMIA, MGI…).
• Intérêt marqué pour la génétique inverse et/ou la génomique des ruminants.

Aptitudes

• Capacité à travailler avec de larges jeux de données complexes.
• Rigueur, autonomie, sens de l’organisation.
• Aisance dans la communication avec des partenaires variés (chercheurs, ingénieurs, réseaux internationaux).
• Niveau d’anglais opérationnel.

 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation