Stage Master 2 : Neuroépigénétique

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’unité mixte de recherche Biologie de la Reproduction, Epigénétique, Environnement et Développement (UMR BREED), qui regroupe environ 80 personnes, étudie l’impact de l’environnement sur le développement embryonnaire et fœtal chez les mammifères, ainsi que les conséquences à long terme de perturbations précoces de cet environnement.
L’unité comprend trois équipes de recherche et une équipe de soutien à la recherche. Le ou la stagiaire sera accueilli(e) au sein de l’équipe PROGENIE.

Le projet HAPPYSMELLING (https://anr.fr/Projet-ANR-22-CE20-0036 explore l’influence du contexte maternel sur l’apprentissage olfactif in utero et ses conséquences sur les comportements socio-émotionnels de la descendance, du stade néonatal à l’âge juvénile, chez des souris mâles et femelles.
Pour cela, des souris gestantes ont reçu, ou non, un composé odorant synthétique ajouté à l’eau de boisson au cours du dernier tiers de la gestation, associé ou non à une récompense sucrée, afin d’induire un conditionnement positif pendant la gestation.
Quatre groupes maternels ont ainsi été constitués (odorisé/non odorisé, renforcé/non renforcé) et suivis comportementalement de la naissance à l’âge juvénile.

Les bulbes olfactifs et cortex préfrontaux des petits ont été prélevés à la naissance et au sevrage, puis l’ADN et l’ARN ont été extraits.
À partir de ces échantillons, nous visons à analyser, à l’échelle du génome, la méthylation et l’hydroxyméthylation de l’ADN aux deux âges à l’aide de la technique RRBS (Reduced Representation Bisulfite Sequencing), sur des matrices oxydées ou non, afin d’étudier les conséquences épigénétiques de l’enrichissement maternel sur ces régions cérébrales ciblées

Activités confiées au/à la stagiaire :

• Selon l’avancement du projet, le ou la stagiaire pourra :
  • Préparer les bibliothèques RRBS et oxRRBS pour envoi au séquençage,
  • Et/ou analyser les données de séquençage issues des bibliothèques RRBS et oxRRBS pour identifier les positions ou régions différentiellement méthylées et/ou hydroxyméthylées associées à l’odeur et/ou à la supplémentation en sucre,
  • Réaliser des analyses de méthylation différentielle afin d’étudier l’évolution des profils de méthylation/hydroxyméthylation entre la naissance et le sevrage,

Effectuer des analyses d’intégration avec les données transcriptomiques afin d’identifier les transcrits dont le niveau est le plus corrélé aux profils de méthylation

 

Formations et compétences recherchées

Formation et compétences requises :

• Master ou diplôme d’ingénieur,
• Connaissances en génétique, génomique et statistiques ; bases solides en biologie,
• Excellente maîtrise du logiciel statistique R (analyse et traitement de données),
• Motivation et intérêt marqué pour les thématiques du projet.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation