Assistant-e Ingénieur-e en écologie de l’agent causal de l’oïdium de la tomate

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Ce contrat à durée déterminée s’inscrit dans le cadre du projet ANR BEYOND, dont l’objectif est de développer des approches d’épidémiosurveillance pour une meilleure prophylaxie des maladies des plantes à partir d’observations à la fois de proximité et à distance (https://beyond.paca.hub.inrae.fr/). L’un des volets du projet vise à explorer les réservoirs et l’écologie des agents phytopathogènes, en particulier le champignon ascomycète biotrophe obligatoire Oidium neolycopersici, principal agent responsable de l’oïdium de la tomate en culture sous serre (Kiss et al., 2001 ; Bardin & Gullino, 2020).

En conditions de laboratoire, O. neolycopersici est capable d’infecter plusieurs espèces végétales appartenant à différentes familles botaniques (Whipps et al., 1998 ; Huang et al., 2000). Cependant, sa gamme d’hôtes et ses réservoirs écologiques en conditions naturelles restent mal connus. Identifier les plantes hôtes alternatives et connaitre les capacités de survie du champignon entre deux saisons culturales sont essentiels pour réduire l’inoculum primaire et améliorer la gestion des épidémies. Actuellement, la protection contre la maladie repose principalement sur des traitements à base de soufre ou de produits de biocontrôle (préparations microbiennes, extraits végétaux et minéraux), appliqués soit de manière systématique, soit après l’apparition des premiers symptômes. Un meilleur positionnement de ces traitements, fondé sur la détection précoce de l’inoculum du champignon dans les réservoirs végétaux ou dans l’air, permettrait d’en améliorer l’efficacité tout en réduisant leur utilisation.

Objectifs du projet :

Ce travail vise à optimiser et utiliser un outil moléculaire pour la détection d’O. neolycopersici dans les réservoirs végétaux et à évaluer la survie des spores du champignon en dehors de ses plantes hôtes.

Les objectifs spécifiques sont :

1. Évaluer la sensibilité et la spécificité de l’outil de PCR développé au sein de l’équipe. Tester la possibilité d’utiliser directement cet outil à partir d’échantillons végétaux bruts et optimiser la méthode d’extraction de l’ADN du champignon et d’amplification.
2. Identifier les réservoirs potentiels de l’agent pathogène à partir d’échantillons de plantes conservés au congélateur, en utilisant la PCR. Mener de nouvelles campagnes d’échantillonnage sur le terrain pour compléter ces données.
3. Évaluer la capacité de survie des spores d’O. neolycopersici en dehors de la plante hôte dans différentes conditions environnementales (température, humidité relative).

Démarche expérimentale :

• Identification des réservoirs d’O. neolycopersici :
  • Optimisation et mise en œuvre d’une PCR spécifique à O. neolycopersici : conditions d’amplification à partir de tissus végétaux infectés, seuil de détection, spécificité vis-à-vis d’autres espèces. Validation de la méthode sur des échantillons de terrain.
  • Collecte d’échantillons sur différentes espèces végétales infectées par de l’oïdium (plantes cultivées et sauvages).
• Étude de la survie des spores :
  • Mise en place d’expériences en conditions contrôlées (température, humidité relative).
  • Suivi de la viabilité des spores par observation microscopique, tests de germination in vitro.
• Analyse et interprétation des données : Traitement statistique et représentation graphique des résultats

Déplacements sur le terrain à prévoir pour la collecte d’échantillons (régions PACA et Occitanie)

Formations et compétences recherchées

• Formation en biologie végétale, phytopathologie ou microbiologie.
• Connaissances en biologie moléculaire (extraction d’ADN, PCR).
• Maîtrise des outils d’analyse de données et de représentation graphique (Excel, R ou équivalent).
• Gout pour le travail expérimental en équipe.
• Autonomie, rigueur et esprit d’analyse.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation