Ingénieur-e en biologie moléculaire

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

• Unité de recherche

Comptant actuellement plus de 150 collaborateurs, y compris le personnel non permanent, l'UMR 1332 BFP est un partenariat entre l'INRAE (Département Biologie et Amélioration des plantes, et Santé des Plantes et Environnement) et l'université de Bordeaux. Elle constitue un pilier majeur de la recherche en biologie végétale en Nouvelle-Aquitaine. Parallèlement à ses activités de recherche, l’UMR BFP est fortement impliquée dans l'enseignement et la formation dans le domaine des sciences végétales, mais aussi en microbiologie et en biochimie.

Vous travaillerez au sein de l'équipe Mollicutes, qui se concentre sur des bactéries pathogènes animales (mycoplasmes) et végétales (phytoplasmes, spiroplasmes). Les mycoplasmes, spiroplasmes et phytoplasmes appartiennent à la classe des Mollicutes, un groupe de bactéries dites « minimales », dépourvues de paroi cellulaire et possédant des génomes très petits. L'objectif général de l'équipe est de générer des connaissances fondamentales sur la biologie et l'évolution de ces bactéries, et plus particulièrement sur les mécanismes moléculaires régissant les interactions avec leurs hôtes eucaryotes. Ces connaissances constituent la base de développements appliqués visant à contrôler les maladies causées par ces bactéries, notamment chez les ruminants (mycoplasmes du groupe mycoides) et les vignes (phytoplasme de la flavescence dorée). Composée de 13 chercheurs, professeurs et ingénieurs permanents, ainsi que de 7 techniciens et 6 doctorants/post-doctorants, l'équipe Mollicutes offre un environnement riche pour une recherche collaborative et innovante.

• Contexte

Depuis la fin du XIXe siècle, les microbiologistes ont mis au point des milieux de culture et des techniques pour étudier les micro-organismes tels que les bactéries, les archées, les levures et les champignons filamenteux. Cependant, seule une petite fraction des espèces bactériennes peut actuellement être cultivée en laboratoire, ce qui pose un défi important pour leur étude. Si les progrès de la métagénomique ont permis de mieux comprendre la diversité microbienne, le séquençage du génome n'a pas suffi à expliquer pourquoi de nombreuses bactéries restent incultivables. Cette lacune limite les progrès dans divers domaines, notamment la lutte contre les maladies, la découverte d'antibiotiques, la production de biomolécules, la gestion du microbiome et la bioremédiation. Pour les bactéries associées à des hôtes eucaryotes, la compréhension de leurs interactions métaboliques avec ces hôtes ouvre de nouvelles perspectives pour la conception de milieux de culture sur mesure. Le projet TARGET vise à remédier à la non-cultivabilité bactérienne en utilisant le phytoplasme de la flavescence dorée, une bactérie phytopathogène, comme preuve de concept. En intégrant la biologie des systèmes, l'ingénierie génomique et la culturomique, ce projet cherche à développer des stratégies innovantes pour la culture bactérienne. Le projet est financé par le programme « recherche à haut risque » EXPLOR'AE de l'INRAE.

La modification génétique est essentielle pour étudier les interactions hôte-pathogène et concevoir de nouvelles stratégies d'intervention. Cela nécessite généralement des bactéries en culture pure ; cependant, plus de 99 % des bactéries n'ayant pas encore été cultivées, il est crucial d'étudier la transformation directe dans les environnements naturels. L'un des objectifs du projet TARGET est de démontrer que les bactéries peuvent être génétiquement transformées sans culture. Un poste d'ingénieur est à pourvoir au sein de l'équipe Mollicutes dans le cadre du projet TARGET pour travailler sur ces aspects. Le projet TARGET s'étend sur quatre ans ; le poste d'ingénieur est proposé pour une durée de 19 mois, avec possibilité de renouvellement pour deux années supplémentaires (24 mois). Le poste sera co-supervisé par le Dr Carole Lartigue et le Dr Nathalie Bouvery.

• Mission

L'ingénieur.e recruté.e contribuera au Work Package 4 (WP4) du projet TARGET, qui se concentre sur la transformation génétique des phytoplasmes non cultivés. À ce jour, les espèces de phytoplasmes n'ont jamais été génétiquement modifiées. Néanmoins, elles peuvent être isolées sous forme d'extraits bruts d'insectes et réinjectées pour infecter de nouveaux hôtes. Dans le cadre de ce WP4, des tests de transformation génétique seront donc lancés avec des extraits bruts d'insectes, en utilisant l'insecte vecteur Euscelidius variegatus comme « milieu » pour sélectionner les transformants. Par la suite, si le consortium développe un milieu défini ou semi-défini pour la multiplication des phytoplasmes, les efforts se concentreront sur la création de protocoles de transformation pour les phytoplasmes en culture pure. À titre de preuve de concept, les premières expérimentations seront menées avec le Mollicutes Spiroplasma citri cultivé, qui se multiplie également dans E. variegatus après injection.

• Principales responsabilités

La personne recrutée sera en charge de :

- Construire des outils génétiques pour la transformation de S. citri et des phytoplasmes

- Préparer des extraits infectieux de S. citri à partir d’insectes infectés et les transformer (sélection sur boite)

- Transformer des extraits infectieux de S. citri et sélectionner les transformants dans l’insecte hôte après injection intra-abdominale dans E. variegatus

(i) Travailler dans un laboratoire de confinement L2 ; (ii) Travailler dans une serre de confinement S2 et (iii) Ecriture de rapports pour les réunions régulières du projet et rapports intermédiaires d’avancement du projet TARGET (oraux et/ou écrits)

Formations et compétences recherchées

• Formation

Formation recommandée : Master en biologie (ou équivalent)

Connaissances requises : Biologie moléculaire, microbiologie, biochimie, bio-informatique

Expérience appréciée : Bactériologie, ingénierie génomique

• Compétences

Autonomie, sens de l'organisation, rigueur ; esprit d'équipe ; aptitudes à la communication orale et écrite ; bonne maîtrise de l'anglais.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation