Chargé-e de recherche sur la réponse des communautés microbiennes benthiques aux fluctuations de température et de niveau d’eau

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l’unité de recherche INRAE « Ecosystèmes aquatiques et changements globaux » (EABX) rattachée à la plateforme Bordeaux Metabolome membre de Metabo-HUB et à l’ISC XPO membre de l’infrastructure de recherche LIFE et d’AnaEE. Les recherches menées au sein l’unité EABX visent à acquérir les connaissances, à construire les méthodes et à mettre au point les outils pour caractériser et comprendre l’état et la dynamique des écosystèmes aquatiques continentaux (estuaires, lacs, rivières), en évaluant les réponses de ces écosystèmes ou de ces espèces (poissons migrateurs amphihalins et végétaux aquatiques) aux pressions anthropiques (pêche, fragmentation des milieux, contamination, changement climatique). Vous intègrerez en particulier l’équipe ECOVEA (Ecologie des communautés végétales aquatiques et impacts des pressions multiples) qui focalise ses recherches sur les végétaux et les communautés microbiennes aquatiques.

Vous travaillerez également en étroite collaboration avec l’équipe CIRCE (Equipe Ecologie des Communautés : Interactions, Résilience et Contraintes) du CRBE où vous serez accueilli-e pendant 1 mois pour réaliser une expérience en microcosmes. Le CRBE étudie l’influence des changements environnementaux et de leurs interactions sur la terre vivante, et les rétroactions des systèmes socio-écologiques sur ces changements. Les recherches sur la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes combinent les concepts de l’écologie, de la biologie évolutive, des sciences de l’environnement.

Ce contrat s’inscrit dans le cadre du projet ReFFE qui étudie les réponses fonctionnelles des communautés microbiennes benthiques de rivières aux fluctuations environnementales associées aux changements globaux. Les communautés microbiennes évoluant sur le fond des rivières sont à la base des écosystèmes aquatiques et sont impliquées dans de nombreux processus écologiques. Elles contribuent au bon fonctionnement des écosystèmes aquatiques du fait de leur rôle prépondérant dans les cycles biogéochimiques et de leur activité de bioépuration (Sentenac et al. 2022). Dans le contexte actuel de changement climatique, ces communautés sont soumises à la fois à une augmentation de la température moyenne de l’eau et à des fluctuations croissantes du débit pouvant entrainer des assèchements répétés plus ou moins longs d’une portion de la largeur du cours d’eau, voire conduire à une interruption complète de l’écoulement (Romaní et al. 2016). Les baisses de débit et de hauteur d’eau entrainent également une diminution de l’inertie thermique de l’eau, provoquant ainsi une augmentation significative des fluctuations journalières de température (Morrill et al. 2005). Les communautés microbiennes vivant proches des berges (généralement les premières zones à s’assécher) ou dans des rivières intermittentes sont particulièrement soumises à ces conditions thermiques et hydriques fluctuantes (Sabater et al. 2016). Si les effets de l’élévation de température ou de l’assèchement hydrique sur les communautés microbiennes benthiques sont relativement bien étudiés (e.g. Sabater et al. 2016, Romero et al. 2018, Courcoul et al. 2022), les effets des fluctuations environnementales plus importantes associées au changement climatique restent méconnus. Or, l’amplification de ces fluctuations est susceptible d’induire des modifications de la structure (composition/diversité taxonomique) et du fonctionnement (processus physiologiques) des communautés microbiennes. Ces modifications peuvent affecter la capacité de ces communautés à tolérer des stress ultérieurs.

Dans ce contexte, le projet ReFFE vise à déterminer dans quelle mesure et par quels mécanismes l’histoire hydro-thermique des communautés microbiennes benthiques de rivière peut affecter leur structure, leur fonctionnement et leur stabilité face à d’autres stress. Pour répondre à cet objectif, des prélèvements ont été réalisés en milieu naturel dans des zones situées directement à l’aval de plusieurs CNPE (centrale nucléaire de production d’électricité), utilisées comme sites d’expérimentation des modifications des conditions hydro-thermiques locales attendues à long terme. Cette approche in situ permet d’intégrer la complexité naturelle des assemblages et de généraliser les réponses observées. De plus, plusieurs expériences en laboratoire ont été réalisées pour étudier d’une part les effets des fluctuations thermiques et d’autre part les effets des fluctuations de niveau d’eau sur la résistance et la résilience des communautés microbiennes périphytiques aux stress thermique, salin et chimique (cuivre).

Vos missions dans ce projet permettront de compléter le travail déjà réalisé et seront :

• Extraction et analyse en métabolomique des échantillons de périphyton issus de l’expérience en canaux sur les effets de la fluctuation des niveaux d’eau
• Contribution aux analyses des données acquises lors des campagnes de terrain sur les sites impactés par des CNPE (Golfech et Bugey)
• Réalisation d’une expérience en microcosmes pour étudier les effets croisés des fluctuations de température et de niveau d’eau sur la résistance et la résilience des communautés microbiennes. Pour cette expérience, vous serez amené à travailler au CRBE, à Toulouse pour une durée de 4 à 6 semaines.

Pour ce faire vous bénéficierez du soutien technique des membres d’ECOVEA, à INRAE, et des membres de CIRCE (au CRBE). Vous disposerez également du matériel nécessaire pour la réalisation des expériences en microcosmes ainsi que pour la métabolomique et la chimie analytique.

Une mission de 4 à 6 semaines (prise en charge par INRAE) est prévue au cours de ce contrat pour la réalisation d’une expérience en microcosmes au CRBE (Toulouse).

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : Doctorat en écologie ou écotoxicologie microbienne

Connaissances souhaitées : Communautés microbiennes benthiques (périphyton), mise en place et suivi de dispositifs expérimentaux dédiés au périphyton (e.g. rivière artificielle), analyses biochimiques

Expérience appréciée : Une expérience dans les approches expérimentales en éco(écotoxico)logie microbienne est fortement recommandée, une expérience dans le domaine de la chimie analytique et/ou des omiques seraient appréciées.

Aptitudes recherchées : Autonomie, compétences en analyses de données, bonnes aptitudes relationnelles

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective ;

-d'une prise en charge partielle abonnement domicile/travail (TER, TBM). 

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation