Stage sur les résistances génétiques du melon

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’utilisation de variétés résistantes aux agents pathogènes est une méthode efficace pour protéger les cultures. Cependant, l’uniformité génétique des variétés cultivées facilite l’adaptation rapide des agents pathogènes, réduisant l’efficacité de la résistance au champ. Pour pallier ce problème, le projet PlantAlliance « ArchiGenet » vise à décrypter l’architecture génétique des interactions entre le melon (Cucumis melo) et le watermelon mosaic virus (WMV), un virus majeur des cucurbitacées (Desbiez et al., 2020), en identifiant les gènes de résistance du côté de la plante et les gènes de virulence du côté du virus. Cette connaissance approfondie des gènes des deux organismes impliqués dans l’interaction permettra de développer des stratégies de déploiement des résistances au champ (via des mélanges variétaux ou des rotations), afin de maximiser leur durabilité et de limiter les risques de contournement (Rimbaud et al., 2021).

Ce projet mobilise deux approches innovantes (Bartoli and Roux, 2017; Märkle et al., 2021; Wang et al., 2018) :

• La co-GWAS expérimentale (en chambre de culture) : elle consiste à réaliser une matrice d’interaction testant toutes les combinaisons deux à deux possibles entre 20 souches de WMV et 180 accessions de melon, afin de représenter la diversité génétique des deux organismes. Cette matrice sera phénotypée pour le niveau de résistance des accessions de melon et le niveau de virulence des souches virales. L’analyse conjointe des données génétiques du melon et du virus, ainsi que des données phénotypiques de la matrice, permettra d’identifier simultanément les QTL des deux organismes impliqués dans l’interaction.
• La co-GWAS naturelle (au champ) : elle s’appuie sur la plantation des 180 accessions de melon dans une parcelle fortement infectée par le WMV. Les populations virales présentes dans chaque plante seront séquencées, ce qui permettra d’analyser les interactions génétiques melon-virus dans un environnement plus complexe et réaliste (diversité virale, vecteurs, facteurs abiotiques).

Le stage proposé permettra de contribuer concrètement à ces deux approches. Il viendra en appui à une thèse en cours sur le même sujet, en collaboration étroite avec le doctorant en charge des expérimentations.

Objectifs du stage

La personne recrutée contribuera principalement à la partie « co-GWAS expérimentale » du projet. Elle mettra en place le phénotypage d’un sous-ensemble de la matrice d’interaction (3 souches virales x 180 génotypes de melon). Elle analysera les données par une approche de GWAS classique, en recherchant des gènes de résistance vis-à-vis de chacune des souches virales. Des analyses de co-GWAS (recherche simultanée de gènes de résistance et de gènes de virulence) pourront être envisagées au fur et à mesure de l’acquisition et de la consolidation du jeu de données.

Le/la stagiaire contribuera également à la partie « co-GWAS naturelle » via la mise en place du premier essai de co-GWAS naturelle sur la parcelle expérimentale entre mai et juin.

Missions

• Mettre en place des essais de phénotypage sur 180 accessions de melon en chambre de culture, pour tester le niveau de résistance à trois souches de WMV.
• Réaliser un phénotypage visuel des accessions de melon :  notations des symptômes.
• Réaliser un phénotypage par des analyses de biologie moléculaire : quantification de la charge virale dans les plantes par hybridation dot blot.
• Réaliser l’analyse statistique des données (GWAS).
• Contribuer à la mise en place d’un essai sur une parcelle expérimentale propice aux infections par le WMV, via la plantation et le suivi de 180 accessions de melon.

néant

Formations et compétences recherchées

• Niveau Ingénieur·e Agronome en dernière année (ou année de césure) / Master 2.
• Intérêt pour la santé des plantes et la biologie moléculaire.
• Connaissances en génétique d’association.
• Gestion d’expérimentations réalisées sur de grands effectifs de plantes.
• Rigueur expérimentale et sens de l’organisation.
• Goût du travail en équipe.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation