Post-doctorant en analyse de séries temporelles multi-omiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

-Vous serez accueilli(e) au sein de au sein de l’UMR « Biodiversité, Gènes et Communautés » (BIOGECO), unité qui comprend plus de 100 personnes employées par INRAE et l'Université de Bordeaux. Notre unité de recherches a pour ambition l'étude de la biodiversité terrestre, des gènes aux communautés, dans une perspective de gestion durable des écosystèmes. Vous développerez vos recherches au sein de l’équipe Pléiade (équipe INRAE/Inria également hébergé au centre Inria de Bordeaux Sud-Ouest), qui développe des outils et méthodes numériques pour l’écologie microbienne computationnelle. Le postdoc sera mené en collaboration avec des modélisatrices des équipes M2P2 (ISA, INRAE) et Macbes (Inria) à Sophia-Antipolis, ainsi qu’avec une écologue microbienne de l’UMR « écologie végétale » (INRAE) à Avignon.

Contexte scientifique : Les communautés microbiennes sont une composante essentielle de la santé des plantes. En interaction avec l'hôte, elles jouent un rôle prépondérant dans la lutte contre l'invasion de pathogènes microbiens. Toutefois, les mécanismes de dynamique des communautés microbiennes, en interaction avec le pathogène, restent très mal connues. Mieux comprendre ces interactions pourrait aider à développer des solutions de biocontrôle contre des pathogènes, permettant ainsi de limiter l’usage de pesticides.

L’objectif scientifique de ce postdoc est de développer de nouvelles méthodes pour l’analyse de séries temporelles multi-omiques, basées sur des modèles de dynamique de population, permettant d’identifier des interactions entre des groupes de micro-organismes ainsi que les fonctions microbiennes impliquées dans ces interactions. Il s’agira en particulier de détecter des communautés et des fonctions microbiennes directement ou indirectement impliquées dans la dynamique du pathogène. Ces méthodes seront appliquées sur des communautés microbiennes foliaires antagonistes chez la tomate, dans le cadre du projet Mistic.

-Vous serez plus particulièrement en charge de :

• Utiliser des techniques de réduction de dimension pour bâtir des systèmes dynamiques afin d’étudier les interactions taxonomiques et fonctionnelles dans la communauté.
• Assurer la diffusion des recherches par des publications ou des interventions lors de conférence.

-Conditions particulières d’activité :  temps plein. Le candidat ou la candidate recrutée partagera son temps entre l’unité Biogeco (Cestas) et l’équipe Pléiade (Inria Bordeaux Sud-Ouest).

Formations et compétences recherchées

-Formation recommandée :  thèse en bio-informatique, data science ou écologie théorique. Des candidatures d’écologues microbiens avec de solides compétences en bio-informatiques ou data science pourraient aussi être étudiées.

-Connaissances souhaitées : analyse de données omiques, clustering, méthodes de réduction de dimension. Un bagage solide en informatique et en programmation (python ou R) est nécessaire. Une expérience préalable de développement de package serait un plus.

-Expérience appréciée : une réelle curiosité pour les systèmes biologiques complexes est souhaitée ; ainsi qu’une capacité à travailler dans un contexte interdisciplinaire.

-Un anglais courant, ainsi qu’une autonomie dans la gestion de projet et la rédaction scientifique sont attendus.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez (selon le type de contrat et sa durée) :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation